高指挥部，蒋介石任陆海空军大元帅，程潜为参谋总长，白崇禧为副参谋总长。军事委员会增设秘书厅，张群为秘书长，陈布雷为副秘书长。另外设立军令、军政、财政、经济、宣传、组训6个部，分掌相关事宜。自此，国民党的政治会议暂停，新成立的最高国防会议和国防参议会代替国民党中央政治会议履行筹划抗战国策等功能。

    在健全抗战的政治组织构架之后，亦开始进行一系列军事部署。8月15日，蒋介石向全国下达抗战总动员令。

    20日，南京国民政府军事委员会发布作战指导计划、中国军队战斗序列和作战指导方针，对抗战作出全面部署。这一部署突出了三点：一、“以一部集中华北，重叠配备，多线设防，特别注意固守平绥路东要地”；二、“以主力集中华东，迅速扫荡浙沪敌海陆军根据地”；三、“以最小限度兵力守备华南沿海各地”。按照这一战略要点，抗战最初的军队作战序列为：

    第1战区，辖平汉、津浦两路北段地区，兵力组成为第1、第2、第14集团军，司令长官为程潜（后由蒋介石兼任）；

    第2战区，辖晋、察、绥地区，兵力组成为第6、第7集团军及骑兵第1军，司令长官为阎锡山；

    第3战区，辖江苏、浙江地区，兵力组成为第8、第9、第10、第15集团军，司令长官为冯玉祥（后由蒋介石兼任）；

    第4战区，辖福建、广东地区，兵力组成为第4、第12集团军，司令长官为何应钦；

    第5战区，辖山东地区，兵力组成为第5集团军，司令长官蒋介石兼任（后由李宗仁继任）。

    对上述五大战区（包括后续组建的部队），国民党政府军投入作战力量达到200万人。陆军方面，抗战爆发前已有49个军，182个师，46个独立步兵旅，9个骑兵师，20个独立骑兵团，总兵力达到170余万人。抗战爆发后，广东、广西、云南、四川等地方派系部队相继接受改编进入抗战军事序列的又有30万人。

    海军方面，在战前已有舰艇100艘，其中巡洋舰2艘，驱逐舰3艘，炮舰16艘，内河炮舰13艘，鱼雷艇及运输舰8艘，陆战队约3800人。全部舰艇编成4个舰队。第1舰队系沿海舰队，第2舰队为长江舰队，司令部均设在上海；第3舰队系东北海军，司令部驻威海卫；第4舰队系广东海军，司令部设在广州。此时的中国海军，尚比较落后，大多是从清朝遗留下来的旧式舰船，装备落后，火力微弱，不足以抗衡日本的现代化舰队。

    空军方面，有侦察机251架，战斗机212架，轰炸机257架，全部由国外进口而来。

    同强大的日军作战，军队数量固然重要，但最为重要的是军队的战斗力要强。为把这支庞大而零散的军队整编成为一支战斗力强的军队，从1936年初开始，蒋介石就开始对陆军进行调整，计划在1938年编成60个调整师。调整后的师的建制为：官兵10923人，步骑枪3800余支，轻重机枪328挺，各式火炮与迫击炮46门，掷弹筒243具。抗战爆发时，已经调整完毕50个步兵师。

    在整编的战斗力较强的部队中，张学良的东北军、两广的桂系、华北的宋哲元的部队占据了较大份额。东北军依靠东北财富，不仅从国外购买武器，而且在沈阳有巨大的兵工厂，可自造武器装备自己，所以东北军的装备在当时是堪称上乘的，但东北军致命弱点是军官素质差，这就使它的装备优势大打折扣。西安事变后蒋介石对这支军队进行整顿并悉数开赴抗日前线，也有这方面的考虑。

    南方一带如广东的陈济棠、广西的李宗仁、云南的龙云，还有冀察的宋哲元等部，长期处于半独立状态，他们因惧于以往蒋介石的内战政策，不惜重金多方筹款购买武器，装备部队，