深感他的思想与现行体制的矛盾。他曾说，在新中国成立前的新民主主义革命时期，自己写文章经常是思如泉涌，一挥而就，甚至可以站在排字房的门口，写一页，排字工人排一页；而社会主义改造以后，写文章变得很难，有时候一篇文章要写几个月，怎么也写不出来。随后他被批判入狱，在牢中面壁七载，日日苦思，默写85遍腹稿，自以为已想通所有关节，可瓜落蒂熟，但是却没有想到还是拓进艰难。

    这种致命的痛苦对于孙冶方来说，甚至大于躯体的病痛。对于同样经历过这种思想挣扎的吴敬琏来说，他对孙冶方的思想苦闷感同身受。尽管他是孙冶方的晚辈，却一样是因为向往民主自由而投身到对国民党政权的抗争和新中国的建设中，早年都是一个刻骨铭心的民主主义者，而后来的现实和形成的体制却与他们的理想格格不入。

    吴敬琏发现，孙氏理论存在巨大的、难以自圆其说的内在矛盾，突出地表现在他的商品——价值观上。

    孙冶方提出要用等价交换原则去处理和调节生产单位之间、地区之间的关系，“把价值放在价值规律的基础上”，可是价值概念只适用于有商品交换和生产的社会形态中。要想分析社会主义条件下的价值范畴，就得分析社会主义条件下的商品关系，而承认社会主义条件下存在商品关系，又与马克思以来的经典理论相矛盾。于是，巨大的矛盾就出现在了孙冶方的理论体系里，用孙冶方自己的话说，他一方面“反对自然经济论”，主张“千规律，万规律，价值规律第一条”，另一方面又“反对商品经济论”，反对市场调节。

    吴敬琏在《论孙冶方的经济理论体系》（写于1984年9月）一文中，描述了孙冶方的痛苦与徘徊——一方面，他作为一个长期从事经济领导工作、具有强烈的现实感，对现实经济生活有较深入了解的经济学家，痛切地感到，按传统理论组织的经济不可能顺畅地运行，不利于生产力的发展，会带来一系列矛盾，并造成极大的社会浪费，因此决心创造一套不同于斯大林社会主义政治经济学的新理论体系；另一方面，他作为自青年时代就接受苏联传统理论教育的经济理论工作者，不能完全摆脱传统社会主义经济理论的束缚，表现了理论上的某种不彻底性……他一方面大声疾呼，经济体制的设计必须顺应客观经济规律，另一方面又力求论证这些做法不仅并不与马克思主义经典作家关于在公有制条件下商品货币关系将要消亡的论断相矛盾，而且是与之完全吻合的。

    为了达成这种“吻合”，孙冶方甚至提出了“两种价值”的理论。所谓“第一号价值”是由市场供求决定交换价值，它反映具有不同经济利益的主体间的关系，只存在于“商品经济”中。“第二号价值”是马克思在《资本论》第一卷中定义的价值，它是生产一定使用价值的社会平均必要劳动消耗，它只是计算的工具。这种计算的目的在于促使所有的企业节约社会劳动，它不需要通过市场的价格波动来起作用，也不反映不同的利益主体之间的关系。从表面上看，这个理论解决了有价值却没有商品的逻辑矛盾，可是，它无法解决实际存在于两种模式之间的矛盾。

    吴敬琏回忆说，孙冶方一度对自己的“两种价值”理论很是满意，认为是个“利器”，可是一接触实际问题，矛盾就暴露得十分明显，不得不一再进行修正，最终，两种价值的划分变得十分模糊，无法确定。譬如有一次，他们讨论产品调拨问题，从东北向华东调拨粮食或石油，由于东北基地的价格低，所以存在吃亏的现象，其问题的症结在于不同地区和企业之间的经济利益，那么，这其间的价值关系，是“第一号价值”还是“第二号价值”？显然是前者，而不是后者。

    孙冶方的理论体系还存在着众多类似的矛盾点。譬如，他非常重视流通问题，然而，所谓流通是指以货币为媒