张琦翔回忆，抗战胜利后，华北逮捕汉奸，用的是请客的方式。戴笠让汪时璟出面在汪家宴请汉奸们，吃过饭，当场宣布拘留他们。周作人、钱稻荪与汪素无往来，故没有敷衍。二人是在当夜，军警以查户口为名，从家中带走的。当军警用枪械指着周要逮捕他时，周说：“我是读书人，用不着这样子。”

    周作人被捕后，先被关押在北平炮局胡同的陆军监狱。周晚年回忆道：“在北京的炮局是归中统的特务管理的，诸事要严格一点，各人编一个号码，晚上要分房按号点呼，年过六十的云予优待，聚居东西大监，特许用火炉取暖，但煤须自己购备，吃饭六人一桌，本来有菜两钵，亦特予倍给。”狱中规定家人每月可会间一次，送钱一次；据说，送钱最多的高达二十万元，周作人最少，每次仅五千元。

    徐淦记载：“风闻在蒋（介石）的寿辰上，有三位国民党的要员趁庆贺之机，联名上书，求蒋给予周作人特赦，但蒋说：‘别人可赦，周作人不可赦，因为他亲共。’据传那三位要员当中为首的是张群，话是从张群的机要秘书口中传出的。”

    1946年春，北平一些文化教育界知名人士，联名上书国民政府，为周作人说情。他们请郑天挺在请求书上签字，遭到郑的拒绝，郑说：“在周任敌伪北大文学院长时，也确实为学校图书馆弄来不少善本珍籍。但我觉得，一个教授应当有起码的民族气节。周曾任伪教育总署督办，这是不能原谅的。”

    在炮局胡同关押半年后，周作人等十四人被押解往南京受审。《申报》发表标题为《巨奸王荫泰等十四人，昨由平解京审理，古城观者如堵，呼骂声不绝》的文章，说：“群奸今晨五时被检查血压时，方知解京受审，乃慌忙写下‘遗书’，招致家人，语多劝家人勿忧，而有恋恋不舍之意。……周作人光头衣着最为陈旧……上车前记者逐一问感想……周作人说：‘我始终等待被捕，无感想。’周瘦得多了，态度仍很‘冷淡’……上机前逐一衡量体重……书生周作人最轻，52公斤。每人许携物15公斤，大多为衣被书籍及针线，周携其自著之《谈龙集》……”

    据说，周作人在上飞机前曾抄旧诗一首示人：“年年乞巧徒成拙，乌鹊填桥事大难。犹是世尊悲悯意，不如市井闹盂兰。”其在押解途中写有诗二首：“羼提未足檀施薄，日暮途穷究可哀。誓愿不随形寿尽，但凭一苇渡江来。”“东望浙江白日斜，故园虽好已无家。贪痴灭尽余嗔在，卖却黄牛入若耶。”

    周作人在“自白书”中为自己辩护道：“初拟卖文为主，嗣因环境恶劣，于1938年1月1日在家遇刺，幸未致命，从此大受威胁……以汤尔和再三怂恿，始出任伪北京大学教授兼该伪校文学院院长，以为学校可伪学生不伪，政府虽伪，教育不可使伪，参加伪组织之动机完全在于维持教育，抵抗奴化……”

    1946年7月19日，南京高等法院对周作人案进行了第一次公开审理，《申报》报道了此次审理过程：“周逆作人十九日晨十时，在首都高院受审，历时二旬钟，以证据尚待调查，庭谕定八月九日再审。周逆昔日小有文名，今日旁听席上，特多男女青年。审讯前段，被告答复从逆前之经历，颇以二十年北大文科教授之任自傲。述其附逆动机；狡称：旨在‘维持教育，抵抗奴化’。庭长当斥以身为人师，岂可失节。周逆答辩谓：‘头二等的教育家都走了，像我这样三四等的人，不出来勉为其难，不致让五六等的坏人，愈弄愈糟。’并称，二十六年秋，留平不去，系因年迈，奉北大校长蒋梦麟之嘱为‘留平四教授’之一，照料北大者，惟对其二十八年之任华北政务委员会常委兼教育总署督办，以及东亚文化协议会会长，华北综合研究所副理事长，伪新民会委员，伪华北新报社理事等职，则期期艾艾，对答之间颇感尴尬，但仍东拉西扯，