平期成会，以超党派姿态，通电全国，呼吁结束南北分裂局面，减轻人民战乱之苦，痛陈“慨自国内构衅，忽已年余，强为畛域之分，酿成南北之局，驯至百政不修，土匪遍地，三军暴露，万姓流离，长此相持，何以立国。”他在致孙中山的信中也表达了同样的观点。

    1922年4月底5月初，直系军阀吴佩孚、曹锟打败奉系军阀张作霖，成为北洋军阀的首要人物后，蔡元培又站在自由派知识分子的立场上，希望在吴佩孚的统治下，实现南北统一，建立一个好人政府。是年5月间，他与王宠惠、罗文干、汤化龙、陶行知、李大钊等16人，联名发表由胡适起草的，认为“中国所以败坏到这步田地，虽然有种种原因，但好人自命清高是一个重要原因。”

    与此同时，蔡元培反对孙中山的北伐主张，支持吴佩孚提出的恢复旧国会，请黎元洪复职的倡议。5月22日，他与梁启超、熊希龄、汪大燮、孙宝琦、王宠惠、林长民、梁善济、张耀曾等联名发表解决时局意见的通电，称吴佩孚“伟路硕望，举国所仰，倘荷合力促成，民国前途，实利赖之。”6月3日，在出席北京教育界举行的“六三”纪念会上，蔡元培与200余名代表致电孙中山和广东非常国会，认为非法总统徐世昌已去职，旧国会即将恢复，护法目的已达，要求孙中山“停止北伐，实行与非法总统同时下野之宣言”。6月8日，又与王家驹、李建勋、毛邦伟等10人代表教育界发表通电，欢迎黎元洪复职。甚至在胡适建议他不要发电催促黎元洪莅京情况下，蔡元培仍坚持己见，表示“西南方反对旧国会，揭一黎以与孙对待而开议和，似亦未为不可。”蔡元培此举受到南方国民党人的批评，但他依旧坚持自己的立场。

    蔡元培并不一概反对学生参加政治活动，认为学生可以不关心国家和民族的命运，闭门读书。1923年他在欧游期间谈到对国内学生运动的态度时就曾明确表示：“学校当局的看法是，如果学生的行为不超出公民身份的范围，如果学生的行为怀有良好的爱国主义信念，那么，学生是无可指责的。学校当局对此应正确判断，不应干预学生运动，也不应把干预学生运动看成是自己对学生的责任。”

    1932年蔡元培和宋庆龄、杨栓（杏佛）等在上海组织中国民权保障同盟，推宋庆龄为主席，蔡元培为副主席，杨铨为总干事，鲁迅也是执行委员。“九一八”事变和“一二八”事变以后，蒋介石先后在北平、上海等地逮捕了很多进步人士和爱国学生。如在北平逮捕了许德珩、侯外庐、范文澜等，在上海逮捕了陈独秀、丁玲和许多学生，还有外国人牛兰夫妇。蔡元培都以中国民权保障同盟的名义函电营救。1933年6月8日，杨杏佛，被国民党特务暗杀，蔡元培闻讯哭之甚痛。