船容易搁浅，退潮了全是泥潭，素来是易守难攻之地。这里盘踞的2000倭寇，是诸路倭寇中实力凶悍的一伙，多是来自日本九州地区的“真倭”。戚家军迎难而上，面对牛田外围的泥潭，戚继光命令士兵们趁退潮时负草填补，踩着草堆前进，在黎明时分胜利上岛，然后摆阵，决战，仅用一上午时间，就全歼2000倭寇。继而戚家军迅速南下，向与牛田相邻的福清倭寇发起攻击。戚家军赶到福清时，当地倭寇已经严阵以待，上万倭寇扎营30里排出长蛇阵，意图死守。戚继光假意放话，说要先休整一下，倭寇闻讯后随即松懈，不料戚继光立刻下令，全线进攻。九月一日总攻开始，戚家军兵分四路，一路攻仓下，一路攻锦屏，将30里大营倭寇切成四段，继而分割围歼。另两路军队在上原岭、林木岭设伏，围剿残敌。九月一日深夜，戚家军奇袭击破倭寇大营，随即四下放火，上万倭寇陷入了一片火海，随后戚家军奋勇追杀，一鼓作气连平牛田、上都等地，将这股倭寇彻底剿灭。

    捷报传来，福建百姓奔走相告，福建巡抚戴游震带领民众，在福清城为戚家军举行盛大庆功。但戚继光却顾不上喝庆功酒，福清战役刚结束，戚家军就接到线报，另一股倭寇正集结在莆田。戚继光随即假装开庆功会麻痹敌人，继而又率2000精锐秘密行军前至莆田，孰料这次却出师不利，戚家军找来的领路向导是个汉奸，戚家军被他带进了死路，到天亮时戚继光才发现，他们处于莆田山谷之中，四面被倭寇包围。绝路之下，戚家军反戈一击，不但要突围，还要反吃这伙倭寇。几次反扑，都被倭寇利用地形优势打退，危急之下，戚家军士兵周能组成敢死队，强行夺取了倭寇死守的吊桥，戚家军终于冲了过去，莆田倭寇崩溃了。此战戚家军付出了他们参加抗倭战争以来的最大伤亡79人。在危急关头担任敢死队的周能等37名戚家军士兵，几乎全部牺牲。

    自嘉靖四十年（公元1561年）入福建后，戚家军历经数战，消灭倭寇5000多人。但因疾病等非战斗减员，到十一月，戚家军士兵能战者只剩3000人，戚继光只好率军回浙休整。这次大捷，也让他升任至副总兵，回浙后他再去义乌征兵，将戚家军的规模扩充到了万人。

    然而戚继光前脚刚走，倭寇又卷土重来，嘉靖四十一年（公元1562年）二月，倭寇发动进攻，拿下福建兴化。明王朝再调戚继光入福建进剿，四月戚家军再抵福建，四月二十一日，戚继光与另两位名将刘显、俞大猷合兵，参加了平海卫之战，一举剿灭盘踞平海卫的2000多倭寇。十一月，戚继光被提升为总兵官，并受命镇守福建。

    之前戚家军经历的数次苦战，虽有挫折，但总的说来，是以寡击众，集中优势兵力打歼灭战，晋升总兵后的戚继光，很快就迎来一场敌众我寡的考验——仙游之战。

    嘉靖四十二年（公元1563年）十二月，倭寇集中两万兵马，围攻福建仙游县，仙游县在县令陈大有的带领下全城抵抗，渐渐力不能支。戚继光火速驰援，这时驻福建的戚家军正值换防，只有6400多人。戚继光先派两百亲兵入城协防，接着使用疑兵之计，不断在倭寇包围圈外围调动兵马。这些方式果然奏效，倭寇摸不清戚继光的用意，暂缓了对仙游县的进攻。十二月二十六日，戚继光苦苦等待的战机终于到来，是日大雾弥漫，戚家军借大雾发动奇袭，一举端了仙游外围的倭寇营地，随后戚家军各个击破，将两万倭寇逐个歼灭，至十二月二十八日，仙游之战胜利结束，共计斩首倭寇6000多人，溺死烧死者上万。明史说“盖东南用兵以来，军威无如此之盛者”。次年二月、三月，戚继光乘胜追击，将仙游之战中逃脱的倭寇残部尽数歼灭，随后又与俞大猷合兵，参加了南澳之战，剿灭盘踞当地的“海匪”吴平，并一路紧追至越南，在越南万桥山将吴平彻底歼灭。