至此骚扰东南沿海数十年的倭寇全部消灭，在万桥山之战结束一个月后，嘉靖皇帝朱厚熜在登州为戚继光修筑“父子总督”，“母子节孝”两个牌坊，以表彰他的赫赫战功。

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    在整个平倭战争中，戚继光和他的戚家军大出风头，素来强悍的日本倭寇遇见戚家军几乎是一触即溃，很少能硬碰硬打两把。平定倭寇后，戚继光一度奉命监管潮州、惠州防务，戚家军的驻守范围，覆盖了浙江、江西、广东、福建四省，整个南中国，几乎都在戚家军的佑护之下。

    此时，他人生里的又一次转折到来：隆庆元年（公元1567年）十月，奉命入京。

    此时嘉靖皇帝朱厚熜已去世，隆庆皇帝朱载垕即位，嘉靖时期困扰明王朝的“南倭北掳”之患，到此时已大为改善，南方倭寇尽灭，北方持续骚扰边境的蒙古鞑靼阿勒坦可汗，也屡遭宣大总兵马芳的打击，气焰大减。但东北方面边患仍在，蓟州北面的朵颜部落以及代表蒙古“黄金家族”的土蛮依然持续骚扰。尤以蓟州受侵扰最甚，戚继光北调之前，蓟州总兵10年里换了7个人，不是战败论罪，就是毙命沙场。蓟州是北京的门户，门户不宁怎么得了。于是在大学士张居正的推荐下，战功赫赫的戚继光奉命入京。

    戚继光这次北调，主要是张居正举荐，在戚家军壮大的历史里，张居正是一个起重要作用的人物。戚家军早年的成军，是浙直总督胡宗宪的扶持，在军饷、物资供应等方面都给了特殊照顾。后来内阁首辅严嵩倒台，胡宗宪被株连，一直被看做胡宗宪亲信的戚继光也没幸免，在严嵩倒台初期，就有言官弹劾戚继光是“严党”。胡宗宪论罪下狱后，兵科给事中韩庆再度弹劾戚继光。事实上，和戚继光一样战功卓著的俞大猷，就在这场风波里被罢官论罪，另一位名将刘显也被“戴罪立功”，唯独戚继光幸免。这一切，自然来自张居正的庇护。和同时代许多名将相比，戚继光的另一大特点就是“会做人”，无论是严嵩当权时，还是高拱、张居正掌权后，对于顶头上司们，他都倾心结交。要结交，自然要舍得花钱，所以也就时常有人弹劾戚继光“经济上不干净”。根据明朝人王世贞《史乘考误》里的记录：戚继光最早和张居正结交，是在嘉靖四十年（公元1561年）台州大捷后，戚继光奉命进京述职，由老上级谭纶牵线认识张居正。此时的张居正是国子监司业兼裕王府（朱载垕）侍读，官职尚小但前途远大，认识后两人书信往来不断。戚家军每次大捷，都缴获大量物资财物，除一部分上交外，大部分都用来赏赐部下和给上司送礼。随着张居正节节升迁，二人关系也越发亲密。到隆庆皇帝在位时，内阁主政的两位阁老高拱与张居正，皆有自己的亲信边将，高拱有宣大总督王崇古以及宣府总兵马芳，张居正有蓟辽总督谭纶，而戚继光的北调，既为加强北方边防的需要，也是张居正加强个人权力的需要。

    戚继光入京后，先在京城负责练兵，被任命为神机营副将。上任伊始，戚继光就把满朝文武“雷”了一把。隆庆二年（公元1568年）正月，戚继光上《请兵破掳四事疏》，提出由他亲自训练10万大军，然后主动出击平灭鞑靼，彻底消除北患。此疏在朝野中引起轩然大波，竟有言官弹劾戚继光“居心叵测”。毕竟在封建社会，又是重文轻武的明朝，由武将独立训练10万大军，不遭忌讳是不可能的。两个月后，戚继光再次上奏，重申练兵意义。最后在张居正的调解下，戚继光被调离京城，官升为蓟州总兵。为安抚戚继光，明朝给了戚继光“总理蓟州、昌平、辽东、保定练兵事宜”的权力，名义上的威权和蓟辽总督相当，但当时辽东、保定、昌平各有总兵，根本不受戚继光节制，所谓“总理”，其实只是个虚衔，戚继光“练兵十万”的愿望还是无法实现。

    今人说起