以火浇油”。对“招安”的农民军，孙传庭更不放心，建议留部队在当地监视，以防他们造反。崇祯十一年（公元1638年）的清军入寇事件里，孙传庭也奉命入京救援，但杨嗣昌怕他立功，竟严令不许孙传庭部出战，战后又主张将孙传庭本人调离，留孙传庭的部队拱卫京城。如此“下山摘桃子”，把孙传庭气得急火攻心，竟致耳聋，但灾祸还没完，得病的孙传庭请求告假，崇祯竟认为孙传庭在推卸责任，一纸诏书把孙传庭下狱。就在孙传庭下牢狱期间，诚如孙传庭所预料的，农民起义叛而复起，当年因杨嗣昌阻挠而逃生的张献忠部再次扯旗造反，而“四正六隅十面网”的恶果也凸显，被租税逼得活不下去的农民纷纷响应，李自成也再次出山，声势浩大。崇祯十五年（公元1642年）五月，李自成横扫河南，二围开封，明王朝岌岌可危，无奈之下，崇祯只得再次启用孙传庭。但此时，孙传庭苦心打造的精锐秦兵，已多被裁撤解散，重回陕西的他，手中只有1万多新招募士兵，毫无作战经验。面对如此烂摊子，孙传庭尽心竭力，死守潼关，他认为，只要潼关不丢，保住陕西，明王朝就能保住平定农民起义的机会。但崇祯却瞎指挥，是年五月，崇祯连发诏书，催促孙传庭进兵。带着这支毫无作战经验的军队，孙传庭在河南遭到败仗，不得不退回陕西。他深知李自成下一步的目标必定是入陕，因此在潼关整顿城防，制造火器，意图坚守。然而崇祯十六年（公元1643年）五月，明王朝再次严令孙传庭主动出击，和李自成决战，孙传庭接诏后痛哭道：“吾固知去而不返也。”明知必死的孙传庭，开始了他人生最后一战，八月十二日，在襄城之战中，面对李自成的50万大军，孙传庭再度战败，全军覆没下，孙传庭单骑冲入敌阵，壮烈殉国。

    孙传庭的战死，让明朝失去了最后一支可以挽救危局的军队，和最后一个可以挽救危局的人，与卢象升一样，孙传庭不但是被瞎指挥坑死，更在死后遭到冷遇，一直到明朝灭亡，他都没有得到崇祯的追谥。孙传庭战败后，李自成轻易占领了陕西，继而东进夺取北京，灭亡了明王朝。