军只能迅速撤离，只留下五百名士兵做清朝将军的护卫，准部由率先降清的阿睦尔撒纳与清朝将军共同管理。阿睦尔撒纳本不是一个安分之人，虽然平定伊犁之后，乾隆以其战功最多，封他为双亲王，食亲王双俸，他仍然不满足。他见清朝兵力已退，萌生了做准部新汗、独据准噶尔汗国原来版图的野心。平定准部之后，乾隆秉“分而治之”之策，准备把准部一分为四，使其互不统属，阿睦尔撒纳却要求成为四部的统一首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他的请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。

    平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发了，一路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到了新疆之后，又大肆抢夺准部故地的牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军一来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下的都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳一再逃脱。乾隆皇帝一筹莫展。恰在此时，一直全力支持乾隆平准的喀尔喀部蒙古居然也起兵反叛了。

    反叛的原因是清王朝对喀尔喀蒙古的榨取超过了极限。“因粮于敌”的策略在战争中实际上演变成了因粮于友。在开往新疆的途中，缺乏物资准备的清军一再掠夺喀尔喀蒙古人，“毡子、毛皮和其他畜产品都被清朝当局以动员和征用的方式夺走了。除了这些，喀尔喀劳动者越来越频繁地被招去服兵役，而且他们必须自备武器弹药……大部分男人脱离生产，被打发去打仗”。（兹拉特金《准噶尔汗国史》）因此，在部落领袖青衮杂卜的带领下，一万多喀尔喀蒙古人起兵反清。二十三个札萨克王公聚集在克鲁伦河畔，酝酿要举行全蒙古的反清战争。

    乾隆醒悟到了自己的失误，迅速转了弯子。“北京理解到了这一危局。博格德汗（乾隆）知道了蒙古人的不满，于1756年9月写信给库伦呼图克图和土谢图汗，说他不知道蒙古人的贫困，对蒙古人他将因功赏赐。”（瓦西里耶夫《外贝加尔的哥萨克》）

    乾隆知道仅仅一封信是远远不够的。他又通过小时候一起读书的密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴的工作，许诺将对喀尔喀蒙古人大大施恩，终于安抚住了喀尔喀蒙古，镇压了青衮杂卜起义，扫除了后顾之忧。

    吸取了这次教训，乾隆终于不再“因粮于敌”了。他痛定思痛，改变了作战方式，首先调集大批粮食，运至前线，巴里坤、哈密贮粮十一万石，足够大军三四年之用，然后于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这一次，他终于顺利摘取了胜利果实。经过连年战争和饥荒，准部蒙古人已经穷困交加，疾病流行，死亡甚多，毫无战斗力，清军所到之处，都能迅速取胜。阿睦尔撒纳日暮途穷，逃入俄罗斯境内，后来病死异国。

    这场战争意义非同一般。自大清开国以来，准噶尔汗国这个敌对势力就如同一片黑色的魅影徘徊在西部，窥视着内地，让连续几代清朝最高统治者席不安寝。如今，大清最强大的敌对势力被彻底消灭，乾隆终于可以长长地出一口气了。

    但乾隆仍然放不下心来。这场战争形势几起几落，让他从大喜到大悲，经历了数度煎熬。本来，在他的计划中，这场战争只需要数月时间，数百万两军费。没想到，战争最终拖了三年，一次战争变成了三次，中间出现了平定喀尔喀蒙古叛乱这个插曲。向臣民许诺的迅速成功演变成一场惨胜，军费最终高达数千万两，多名大将折损，乾隆有些恼羞成怒。

    而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。在准噶尔四部中，只有杜尔伯特部第一次投降之后，一直忠心耿耿地服从大清，其他三部，都是屡降屡叛，让乾