隆吃尽苦头。这支历史上一再演出惊人之作的蒙古部落确实有着一般民族没有的硬骨头。如何对付这个民族，乾隆费尽心思。仅仅分而治之似乎难以彻底削弱这支蒙古人的力量。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。

    经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。

    这实际上是一道种族灭绝令。

    其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但是“因粮于敌”的策略本身就是一场屠杀。在进军过程中，清军一直是以抢劫作为补充军粮的唯一手段。那些被抢走了所有牲畜的准噶尔蒙古人后来大多死于饥饿。准噶尔人一开始以为清军是自己的救星，及至发现他们其实是强盗后，越来越多的人自发地反抗清军，对他们展开袭击。因此，在第二次出兵时，清军已经开始大肆屠杀平民。他们“宁可错杀一千，不可放过一个”，凡遇到可疑的蒙古民众，一律杀掉了事，以维护自身的安全。而这一策略也得到乾隆的首肯甚至鼓励。乾隆二十一年（1756年）八月一日，清军参赞大臣哈达哈等向皇帝奏报：清军来到济尔玛台地方时，遇到厄鲁特的一位部落首领敦多克带领几名亲信前来投降。清军认为他们形迹可疑，不敢断定是否真降，遂将敦多克等人“俱行诛戮”，随后又带领大军来到这个部落的游牧地，把毫无准备的1700户牧民“悉行剿灭”。乾隆皇帝收到这个奏报之后，认为哈达哈“奋勇可嘉”，授为领侍卫内大臣。

    在展开大屠杀前，乾隆已经多次导演过整部落的灭绝事件。

    阿睦尔撒纳反叛后，乾隆分别任命了新的准噶尔四部汗王。其中任命巴雅尔为辉特部的汗王，沙克都尔曼吉为和硕特部的汗王。乾隆二十一年十月，乾隆获悉巴雅尔追随阿睦尔撒纳复叛的消息后，大为震怒，他命人全力剿灭辉特部，对和硕特部汗王沙克都尔曼吉，也密谕清朝将军“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭”。

    沙克都尔曼吉在平准战争中率先投降了清朝，所以才被封为“和硕特汗”。他是坚定效忠清政府的。叛乱四起时，他拒绝附从叛军，不顾个人安危，毅然率本部四千余户离开故土投奔内地，来到清军驻地附近，“依巴里坤（清西路大军军营）近城以居”。清朝将军雅尔哈善见皇帝猜疑心重，遂抱定宁左勿右的宗旨。尽管沙克都尔曼吉毫无叛意，仍然设计剿杀。

    对于这次屠杀，雅尔哈善很动了一番脑筋。他从自己的军队中精选了五百人，假装出兵他处，路过和硕特部的住地借宿。沙克都尔曼吉见是天朝大军来到，极表欢迎，腾出了最好的几十顶帐篷给这些清兵住。尽管自己部落乏食，仍然“屠羊以待”，把仅存的几十只羊都杀掉了，拿出积存的所有美酒，盛情款待。心地拙实的蒙古首领们在宴席上都喝得大醉。等到半夜时分，清军“以笳为令，袭其卧庐”，一声令下，对沉睡中的蒙古人发起突袭，一个蒙古包一个蒙古包地杀戮，杀光了七百座蒙古包中的蒙古人，“尽歼全部四千余人”。而汗王沙克都尔曼吉也死得很惨。据《啸亭杂录》载，沙克都尔曼吉喝醉之后，脱光衣服，呼呼大睡，对于闯进来的清军毫不知觉。他的妻子从睡梦中惊起，见清军持刀砍向她的丈夫，遂奋不顾身赤身裸体扑到丈夫身上，为他挡刀，结果两人被乱刀砍死，死后仍然紧紧抱在一起，“裸而抱持之，如两白蛇蜿蜒穹庐中”。

    情况汇报上来，乾隆帝夸奖雅尔哈善“办理甚属奋往”，著交部“照军功议叙”。雅尔哈善于第二年被授为参赞大臣，擢兵部尚书，后来又被封为一等伯。

    如果说这些屠杀尚属带有偶然性的局部事件的话，在第三次平准战争中，屠杀则演变成了一场周密的部署