京城附近开酒馆、糟坊，派人去南方贩卖食盐。脱脱恐遭非议，祸及自身，暗中让人向惠宗告了一状，上任仅半年的马札儿台被迫辞职。至元六年（公元1340年）三月，惠宗任命脱脱为中书右丞相。惠宗即位后，先是建元“元统”（公元1333年～1334年），后改用忽必烈的年号“至元”（公元1335年～1340年），习惯上称为“后至元”。1341年，妥懽帖睦尔改元“至正”，决定任用脱脱进行改革，废除伯颜旧政，重振祖宗大业，大有恢复元朝盛世的向慕之志，史称“更化”。

    至正元年，惠宗恢复了中断6年的科举取士制度，亲试进士78人，以笼络汉族士大夫，同时大兴国子监，选名儒雅士传授儒学。他下诏将4个素有声望的儒士欧阳玄、李好文、黄溍、许有壬召进宫内，让他们5日进讲一次，帮助他读四书五经，练习书法。为了表达对儒学正统思想的尊崇，至正二年，惠宗派人到曲阜祭祀孔庙。第二年，下诏编修辽、金、宋三史，命脱脱为都总监官，许多汉人文士参加了编纂，达成了惠宗新政中“文治”的重要内容。

    惠宗起用脱脱，把一切大权交付与他，自以为高枕无忧。为了笼络人心，他对贵族、官僚滥行赏赐，挥霍无度，造成国库入不敷出。与此同时，黄河连年发生水患，脱脱先后提出“变钞”和“开河”的建议。岂知在社会矛盾日益尖锐的情况下，“变钞”和“开河”成了元末农民起义的导火线。

    至正十一年五月，治河民工韩山童、刘福通发动起义，推举韩山童为明王，以红巾为号。起义军一举攻占颍州（今安徽阜阳），揭开了轰轰烈烈的元末农民大起义的序幕。

    泰州人张士诚也随红巾军起义，连战连捷，于至正十四正月在高邮自立为王。九月，脱脱派大军攻打高邮，不久自己反遭中书右丞哈麻弹劾，流放云南，并被哈麻毒死。张士城趁元军阵前易将大乱之机出兵败之。高邮之战后，溃散的元军不少人投靠了红巾军。元朝政府军队一蹶不振，惠宗不得不改变排汉政策，鼓励和依靠豪强地主武装去镇压农民起义，他廉价地授予地主武装头目以万户、千户等官衔，这样，相继出现了几支靠镇压农民起义发迹的地主武装，其中最主要的是答失八都鲁和察罕帖木儿两股势力。

    在此期间，惠宗起用搠思监为中书右丞相，汉人太平（原名贺惟一）为左丞相，他自己则不问政事，与嫔妃嬉游无度。又宠信西藏僧人，为求长生设淫乱之所，男女裸体杂处。哈麻为惠宗采选民间佳丽，让她们装扮成菩萨，号称“天魔舞女”，整天围绕在惠宗身边。二皇后奇氏实在看不下去，再三恳求他爱惜身体，不要受天魔舞女迷惑，停止土木兴建。惠宗勃然大怒，高声喊道：“古今只我一人而已！”此后日益疏远奇氏，奇氏见自己失宠，转而拉拢朝中大臣，暗中招纳不少高丽美女送给他们，以争得外援。

    奇氏与皇太子爱猷识里达腊见政局动荡，惠宗听任朝臣倾轧，便加紧行动步伐，打算联合哈麻、朴不花、搠思监等人逼迫惠宗逊位，但遭汉臣太平等反对。至正十九年十二月，爱猷识里达腊命令监察御史买住等人劾奏太后提拔的汉人官员中书左丞成遵和参政赵中，将二人杖杀狱中，借此中伤太平。太平见势不可留，只得上奏惠宗，以患病为由，请求辞去相位，大臣们立即呼吁，要求皇帝留用太平，惠宗慑于奇氏和皇太子咄咄逼人之势，被迫罢免太平。但由于得不到支持，爱猷识里达腊逼父逊位也未能如愿。

    至正二十三年（1363），爱猷识里达腊与母亲奇氏加紧了策划逼父禅位的阴谋，掌握大权的搠思监和朴不花则密切配合，拉拢朝中大臣，将军政大事全都压下，不让惠宗闻知。至正二十四年三月，爱猷识里达腊、搠思监、朴不花借得罪爱猷识里达腊的御史大夫老的沙，知枢密院事秃坚贻木儿藏在孛罗军中一事，指