责孛罗帖木儿与老的沙等图谋不轨，要求皇帝驱逐帝党所倚的军事重臣孛罗帖木儿。孤立无援的惠宗不得不听命于皇太子，下诏削除孛罗帖木儿兵权和官爵，贬居四川。宗王不颜帖木儿、秃坚帖木儿忿忿不平，起而与孛罗帖木儿联合，并上书惠宗，为孛罗帖木儿申辩。惠宗感到，孛罗帖木儿忠于自己，是他与皇太子一方抗衡的重要砝码，于是复下诏书，历数搠思监、朴不花恣意弄权，欺下蒙上等罪状，将搠思监流放岭北，朴不花流放甘肃，恢复孛罗帖木儿官职。然而，此时皇太子一方的势力已跃居皇帝之上，所以，诏书虽下，搠思监、朴不花二人权未解，职未卸，照常在朝中掌权。

    至正二十三年，孛罗帖木儿与割据陕西的扩廓帖木儿因地盘纷争大打出手，爱猷识里达腊支持扩廓，惠宗袒护孛罗未果，后又被迫削去孛罗官爵，孛罗已经十分不满，至正二十四年五月，爱猷识里达腊返回京城，再次下令扩廓帖木儿进讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿分兵三路，一路由部将白琐住率领，开赴京城御守，另外二路军队进逼孛罗帖木儿驻守的大同。孛罗帖木儿怒杀搠思监、朴不花二人，留下一部分军队守卫大同，他自己则带着秃坚帖木儿、老的沙，率领主力大军直捣大都，扬言要尽除朝中奸臣。京城大震，爱猷识里达腊亲自率领军队迎战，结果大败而回，在白琐住军队的护卫下匆匆逃往太原扩廓帖木儿军中。孛罗帖木儿拥兵入城，偕同秃坚帖木儿、老的沙面见惠宗。惠宗当即任命孛罗帖木儿为中书左丞相，老的沙为中书平章政事，秃坚贴木儿为御史大夫。不久，又提升孛罗帖木儿为中书右丞相，节制天下军马，总揽国家大权。孛罗帖木儿上任后，立即杀了惠宗宠幸的“倚纳”和近臣，驱逐西藏僧人，幽禁奇氏。

    至正二十五年三月，爱猷识里达腊下令扩廓帖木儿与李思齐出兵声讨孛罗帖木儿，并调遣岭北、甘肃、辽阳、陕西等地军队增援。孛罗帖木儿派遣秃坚帖木儿率兵进讨上都皇太子同党，又调兵南下抵御扩廓帖木儿军队。这个时候，孛罗帖木儿荒淫无度，在数月之内，共纳40多女子为妾，整天与老的沙等人饮酒作乐，甚至酗酒杀人。朝臣都对他心怀恐惧，惠宗渐渐失去了对他的信任，于七月下密旨，命伯颜达儿等勇士斫死孛罗帖木儿。朝中倾轧、军阀混战以爱猷识里达腊和扩廓帖木儿的胜利而告一段落，步步退却的惠宗仅仅保住了皇帝宝座，却失去了自己统治的最后一根支柱。

    三、朱氏起兵元皇出逃

    在这期间，朱元璋的队伍迅速崛起，直接威胁着元朝控制下的北方地区。朱元璋先后翦除群雄，声威大震，决定派兵北伐，灭亡元朝。

    这时，元朝内部宫廷斗争更甚。爱猷识里达腊逃奔太原时，曾想仿效唐肃宗在灵武称帝的故事，自立为帝，扩廓帖木儿不同意。孛罗帖木儿被杀后，奇氏传旨到军中，命令扩廓帖木儿以重兵扈从皇太子入京，目的在于胁迫惠宗退位。奇氏再次劝扩廓帖木儿出面逼使惠宗让位与皇太子，扩廓帖木儿又予以拒绝，由此得罪了奇氏母子。惠宗本与扩廓帖木儿不和，又忌他兵权太重，朝中大臣也觉得他年纪轻，资历浅，不把他放在眼里。在军中骄纵惯了的扩廓帖木儿做了两个月的左丞相，很不得志，在京城实在呆不下去了，只好上奏惠宗，请求外出带兵。至正二十五年（公元1365年）闰十月，惠宗封扩廓帖木儿为河南王，命他代皇太子总制天下军马，进讨江淮。

    扩廓帖木儿率大军离开大都后，不仅无意整军出战，反而借惠宗授予他的军事大权，随意征调各路军队，引起军阀头目不满。惠宗开始怀疑他有叛逆之心。

    至正十七年八月，惠宗严厉责备皇后与皇太子说：“过去孛罗帖木儿举兵进犯京师，而今扩廓帖木儿总兵天下，很不得利，你们母子误了我的天下。现在国家分崩离析，困难重重，都是你们母子造成的