保、景安、秦承恩、惠龄等人因为“纵贼”的罪名，或者被定为死罪，或者被遣戍边疆，或者被降级调用。以往运转不灵的清朝军事机器，在嘉庆的操纵下开始加速运转起来。

    太上皇乾隆镇压白莲教起义一味实行军事围剿。嘉庆从几年的实践上看出这种做法并不能完全解决问题，于是采用了剿抚兼施的两手策略。嘉庆宣布“但治从逆，不治从教”，即对白莲教的活动不予禁止，但对白莲教起义军要坚决镇压，嘉庆几次下诏，允许一般起义军将士投奔朝廷，凡能擒获起义军首领归顺的，都可受到赏赐，临阵投降，或者是自行逃散的，也可以放归乡里，安排生计。可是嘉庆的招抚政策并没有收到预期的效果，白莲教起义军将士同仇敌忾，即使在作战不利的形势下也是咬紧牙关，浴血奋战，决不轻易向朝廷投降。这使得嘉庆感到非常恼火，他于是采用了坚壁清野政策。这项政策早在白莲教起义初期曾由明亮等人提出过，当时未被乾隆重视。嘉庆在亲政之后对这项政策加以充分肯定，下令在川、楚、陕、甘等地广为推行。坚壁清野的主要内容就是在起义军出没地区四处合并村落，修建堡垒，在山区扼险结寨，在平原地区掘壕筑堡，将百姓都驱赶到堡垒之中，清查户口，限制人员出入，强行隔断起义军与贫苦百姓的联系。寨堡四起之后，嘉庆又积极组织团练乡勇，扩大地主武装。他下令军中努力纠正以前的做法，不得歧视团练乡勇。凡乡勇立功、阵亡者都要同正规军一样对待。嘉庆推行的这些措施给白莲教起义军造成了严重威胁，起义军在人员的补充、给养的供给等方面都面临许多困难，游击作战四处受阻，清军在战场上逐渐占据了优势。

    嘉庆九年（公元1804年），白连教大起义被镇压下去了。这次起义历时近10年之久，起义军纵横川、陕、楚、豫、甘5省，抗击了清政府从16个省调集的军队，使清政府耗费饷银2亿两，严重地动摇了清朝的统治基础。从此，清王朝陷入了武力削弱、财政窘迫的困境，嘉庆的日子愈发难熬。

    就在川、楚、陕白莲教起义方兴未艾之际，湘、黔一带的苗民起义又掀起了澎湃的波澜。虽然起义规模较小，但此起彼伏，相互呼应，一直坚持到了嘉庆十二年。

    嘉庆十八年，北方大地又涌起了农民起义的风云，李文成、林清等人领导的天理教起义爆发了。天理教是白莲教的一个支派，它的教徒按八卦名称分股活动，所以也称为八卦教。川、楚、陕，白莲教起义失败后，天理教首领李文成、林清等人积极活动，秘密组织反清起义。嘉庆十八年九月，河南方面不慎泄露了起义的机密，李文成身陷囹圄，河南滑县的天理教徒遂提前举行起义，救出了李文成。直隶的长垣、东昌，山东的曹县、定陶随之也接连起事。嘉庆闻讯后急忙饬令直隶总督、河南巡抚率军前去镇压，可他万万没有想到，起义军战士竟然打进了北京皇宫！九月十五日，林清组织的一部分起义军化装潜入了北京城，然后按照原定计划，在内线太监的引导下分别由东华门和西华门闯进了宫中。他们白布裹头，高举“大明天顺”、“顺天保民”的大旗，奋勇冲杀。至今，隆宗门的匾额上还留有当年起义军射上去的一个箭镞。在起义军战士的喊杀声中，正在宫中南书房的皇次子昱宁和几个亲王慌忙组织侍卫抵抗，接着又有大批官军从神武门入宫，势单力薄的起义军战士经过一番苦战，抵挡不住优势敌人的攻击，进攻皇宫的战斗失败了。

    宫中发生激战时，嘉庆正在承德避暑山庄。得到消息后，他震惊不已，马上急匆匆地赶回了北京。他颁布了“罪已诏”，惊呼这次事件“变生肘腋，祸起萧墙”，实在是旷古奇闻。紧接着，他下令严密搜捕林清等人，将林清诱捕处死。同时，又调集各路清军，对河南李文成领导的起义军进行血腥镇压。十一月，李文成在林县司寨被围，壮烈战死。天理教