二月十七日（4月2日），拜谒孔林，礼拜周公庙。

    二月十九日（4月4日），抵济宁驻扎。

    三月初五日（4月19日），奏请霆营饷需解决办法，请派鲍超赴豫南、鄂北一带剿捻。

    三月，曾国荃率新募湘军一万二千人赴湖北巡抚任，史称新湘军。

    四月初七日（5月20日），奏定分段防守运河、黄河之策。

    四月初七日至四月初九日（5月20日至5月22日），同阎敬铭、刘长佑乘舟杳勘黄河，运河，商定各军分防地段。

    四月二十三日（6月5日），鲍超一军到达湖北。

    五月二十二日（7月4日），奏定以弱军驻防四镇，抽出强军组成游击之师，分四路跟追捻军之策。

    六月初七至六月初八日（7月18日至7月19日），至嘉祥拜谒曾子庙和曾子墓，并与曾参后人连宗。

    六月十四日（7月25日），采纳刘铭传的建议，奏定防守贾鲁河，沙河之策。

    六月十五日（7月26日），由济宁登舟前往周口，沿途察看运河堤墙。

    七月二十八日（8月8日），奏报捻军赖文光部全军渡贾鲁河西去，急调刘铭传、张树珊、潘鼎新等部赶赴沙河一线，兴办贾鲁河、沙河防河工程，并调刘松山、张诗日各军渡贾鲁河西进，与曾国荃、鲍超各军配合，力图将捻军歼灭于豫西、鄂东地区。

    八月初九日（9月17日），抵周口驻扎。

    八月十二日（9月20日），因病请假一月，在营调养。

    八月十六日（9月24日），赖文光、张宗禹率捻军乘夜突破河南防区，由开封城南越壕东去，急趋山东。曾国藩防守贾鲁河、沙河挫败，急调湘、淮各军赴山东追击，防河之策受到重挫。

    八月二十三日（10月1日），奏请速令李鸿章出驻徐州，与山东巡抚会办东路，曾国荃移驻南阳，与河南巡抚会办西路。曾国藩仍驻周口，居中调度。

    八月：陕甘总督杨岳斌（即杨载福）、陕西巡抚刘蓉因病免职（仍留陕西治军），左宗棠调任陕甘总督，乔松年调任陕西巡抚，英翰被授安徽巡抚。

    九月十二日（10月20日），捻军在河南陈留，杞县一带分为两支，一支由赖文光、任化邦率领，仍在豫、鲁、苏、鄂、皖一带活动，史称东捻军。一支由张宗禹率领，转战入陕西，史称西捻军。

    九月十三日（10月21日），奏请继假一月，观望形势，以定去留。

    九月：李鸿章出驻徐州，曾国荃移驻襄阳。曾国荃具疏参劾湖广总督官文。

    十月十三日（11月29日），因御史连章弹劾，清廷屡次降旨切责，曾国藩以病难速愈为由，奏请开协办大学士、两江总督缺，请另简钦差大臣接办军务，自己以散员留营效力，并附片陈请暂将封爵注销，以示自贬。

    十月二十五日（12月1日），接奉上谕，赏假一月，在营调理，钦差大臣暂由李鸿章署理，曾国藩俟调理就愈，即行来京陛见。

    十月：东捻军由山东转移至河南陈州一带，曾国荃移驻黄河。

    十一月初六日（12月12日），接奉上谕，曾国藩回两江总督本任，暂缓来京陛见，江苏巡抚李鸿章授为钦差大臣，专办剿捻事宜。湖广总督官文奉旨开缺，入都供职。

    十一月十九日（12月25日），派员赴徐州，将钦差大臣关防送交李鸿章。

    十二月初六日（1867年1月11日），新湘军郭松林在湖北安陆府被东捻军击溃，郭松林重伤被俘，复被人救走。

    十二月二十一日（1867年1月26日），淮军张树珊部在湖北德安府被歼，张树珊死。