。

    同年5月17日，中国人民解放军南京军管会文教会派赵卓到南京北极阁中央研究院总办事处，召集员工联谊会理事会，陶孟和积极出面支持军管会的要求。在中央研究院各所被新成立的中国科学院接管之前的一段空隙里，根据南京军管会安排，曾成立中央研究院院务委员会，维持南京各所的日常工作，共选出14位委员，陶孟和为主任委员。9月，中国人民政治协商会议第一届会议在北京召开，陶孟和以“特别邀请人士”身份出席会议，被选为政协全国委员会常务委员。

    1949年10月19日，成立未久的中央人民政府委员会第三次会议，组成了以郭沫若为院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为副院长的中国科学院。陶氏能挤进新生的中国科学院并出任高官，据说是陈毅出面向中共中央力荐的结果。陶孟和当年的心思总算没有白费，在改朝换代的历史形势下，其政治理想如愿以偿。11月1日，中国科学院在北京正式办公，后来即以此日为中国科学院成立日。院址最初借用东四马大人胡同10号，11月23日迁入王府大街9号；1950年6月23日迁至文津街3号；1966年迁往西郊友谊宾馆北馆；1970年7月，迁往三里河路52号。建院之初，科学院下设办公厅和研究计划局、国际合作局（联络局）、出版编译局等三个局，陶以副院长的身份兼任出版编译局局长。

    有些巧合的是，中国科学院院于1950年迁入的文津街3号，正是30年代原社会调查所与静生生物调查所旧址。已成为中科院副院长的陶孟和，办公室就在他原任社会调查所所长的那间屋内。想不到在风风雨雨，硝烟炮火中绕了大半个中国，人到白头又回到了事业起点的位置。旧地新任，百感交集，陶孟和自是嗟叹不已。尽管他不再像当年那样年轻和朝气蓬勃，不再为自立山头还是归附水泊梁山聚义厅之问题与中基会总干事任鸿隽不惜一战，但面对旧屋中的那把显然有所增高的坐椅，内心深处对新政权的恩情还是由衷地感激，并力图在科研事业上有所贡献。正是怀揣着这样一个伟大梦想，在新中国刚刚成立之时，他与同时被任命为副院长的竺可桢从北京返回南京、上海等地，以各自在学术界的声望和影响，同时以新任党国大员的威力，动员收拢已散落于各派系山头和流落于江湖中的旧部与科学界好友留在大陆，以为新中国效力。只是出乎陶孟和预料的是，当他坐在副院长的高大椅子上环顾四周，突然发现面临的处境并不容乐观，且越来越陷入有苦难言的尴尬境地。就当时的情形论，作为中国科学院副院长这一职位，与他此前的学术声望，以及后来为中国共产党夺取政权所费的心力是相称的。但此一时，彼一时，既然新政权已经建立并渐趋牢固，陶的学术价值与当年所作的敲边鼓性质的一点事业，已经不值一哂了。据当年与陶共过事的中科院人士回忆：陶孟和是文科，解放后不兴文科，他在科学院没多少实际的工作（管出版、图书），开会也可以不叫他来。

    然而，令陶孟和不快和对他的致命打击还在后头。当他坐上中国科学院副院长交椅的时候，其一手经营的社会科学研究所尚在被视为蒋介石老巢的南京，工作、生活方面诸多不便，经批准于1952年底迁往北京。这个时候，社会学已经被新政权和新生的“天才”们当做伪科学遭到了否定，该所到北京后即被改为学术性质和研究方向大不相同的经济研究所，整个社会学专业被无情地取缔。正如陶的部下巫宝三所说，“到1952年底，可以说社会调查所和社会研究所完成了它的历史使命”。这个由陶孟和顶着各方面压力一手创建、中途经过改编和重组，历尽风雨坎坷始终由陶氏掌舵达26年之久，且最初是以研究人民生活问题为指导方针的社会调查所，就这样如一缕轻烟无声无息地消失了。一个在社会学界颇负盛名的重量级学者，最