中，旋即离婚。饶于1932年返平，旋经北大教授孙云铸教授夫人之介，翌年与张女士结婚，方以为可享家庭之乐，乃抗战事起，夫人于长沙避居上海岳家时逝世。饶氏素患胃溃疡，此疾之特性是人当心情忧虑时胃酸增加而愈剧痛，饶一方忧国，一方丧偶，乃胃病时发，心情低劣而疾病愈剧。在昆明岗头村乡居，弟子在旁者只有吴大猷夫妇而已，故只有借埋首物理典籍以度过身心皆极痛苦的抗战数年生命。”当然，吴氏这段回忆是说的课余的避居生活，并不是生活的全部。同西南联大其他的系一样，饶氏担任这个在校中占有强势地位的物理系主任也并不易，师生生活十分艰苦，经常是食不果腹，衣不遮体，特别是仪器设备极为缺少。为了保证教学质量，饶规定坚持正常实习，每周一次，风雨无阻。为避免日军空袭，饶毓泰带领师生把贵重仪器搬到离昆明城十多里地的大普吉农村，需要实习时再搬到昆明，用完后再搬回去。有的仪器放在大铁桶内，埋在地下，用的时候取出来，用完后再放入大铁桶埋起来，这样可避免日机轰炸造成损失。在饶氏主持下，物理系还办了一个金工车间，有车床、铣床，为实验室生产零配件和简单的设备，学生既有理论知识，又能锻炼实际操作的能力，学生受益颇大。作为饶氏本人，在料理系内事务的同时，仍坚持教学和学术研究，且教学时用力甚勤，讲义稿每年都作修改。其研究论文，起于1922年至1946年，多刊于美国《物理评论》期刊及德国《物理》期刊。尽管饶氏感时忧国，兼及丧偶之痛与胃病不断复发，平时寡言笑，但因其精通英、德、法文，国学根底又好，对师生皆热情相待，又具有严正不阿的人格魅力，因而成为吴大猷所说的“侪辈所尊敬的人”。

    1944年，美国国务院聘中国教授赴美访问，饶氏有幸去美，先后在麻省理工学院、普林斯顿及俄亥俄大学访学，并在俄亥俄大学从事分子红外光谱的实验研究，暇中以英语翻译法国德布罗依（L。deBroglie）氏专著一册。此译稿完成后寄给西南联大的吴大猷，不幸在辗转迁移中失去，遂成一大损失。1947年，饶毓泰由美返国，任抗战胜利复员后的北京大学理学院院长兼物理系主任。此时胡适已归国出掌北大，饶氏认为正是复兴北大的最好机会，建议扩充发展北大物理系，并致函邀请在美国的钱学森等一批物理学新秀回国加入北大效力。翌年，饶又得中基会借予北大十万美元，以备扩充学科，而胡适对此表示支持，遂决定将全部款项建立一个近现代物理中心，嘱吴大猷在美与吴健雄等学者共商购置仪器事宜。与此同时，饶毓泰又计划延邀吴健雄、张文裕、胡宁、马仕俊等在美学者返国，共同为物理学发展贡献才智。惜因国内局势急转，此项计划未及实现，而钱学森也因复杂的原因未能及时归国。当时在美担当购置仪器重任的吴大猷虽手握重金，见事不可为，遂将款全数交还中基会，以图将来。

    1948年年底，胡适乘飞机离开北平之时，作为中央研究院第一届院士和北大理学院院长的饶毓泰，自然列在国民政府抢救学人计划名单中。傅斯年在南京拍发给平津铁路局石树德局长，并请其转译给梅贻琦、郑天挺等人的加急电报中说道：“名单包括四类：（一）各院校馆所行政负责人，如梅、李、袁、陈、胡、郑、贺、霍、褚、沈、汤、冯、舲、饶等。”这个“饶”就指饶毓泰。想不到名列第一类的饶氏却拒绝南飞，坚决留了下来。当时他作如何想，是什么原因让他置国民政府急电催促而不顾，非要留在北平？因饶是个沉默寡言、有事憋在心里不轻易吐露的人，亦无相关的文字材料加以证明，世人就难以弄清了。人们看到的是，1949年以后，饶毓泰继续担任北大校务委员会委员兼理学院院长、物理系主任。此时饶氏雄心勃勃，准备大干一番事业，并有“急起直追，赶上世界学术水平”的讲话。想不