事在吴的内心引起的悲愤之情未平，又出现了钱锺书被陈福田、叶公超等辈排挤出清华之事。尽管年轻气盛的钱锺书曾公开放言“西南联大的外文系根本不行；叶公超太懒，吴宓太笨，陈福田太俗”等狂话，但天生“傻得可爱”的吴宓总是站在爱护后进的角度不以为忤。只是“太懒”的叶公超与俗人陈福田二人合力设谋，把个狂妄书生兼才子钱锺书一脚踢出门外，任其流落他乡。吴宓对陈、叶二人向校长梅贻琦进献谗言大为不满，认为彼辈“殊无公平爱才之意”、“皆妾妇之道也”，并以悲天悯人的情怀为钱锺书重返联大奔走呼吁。但“终憾人之度量不广，各存学校之町畦，不重人才”而作罢。

    因了这一连串的事件，吴宓对陈、叶二人大为不满，彼对吴宓亦心存芥蒂，双方之间屡生龃龉，裂痕渐大，促使吴宓萌生去意。1940年1月29日，吴宓突然收到西北大学校长胡庶华和教育部次长顾毓琇的电报，敦请其为西北大学文学院院长。吴考虑再三，复电顾次长并转胡校长“敬谢雅命”。但在嗣后的半年多时间里，是否往西北大学又几经反复，颇为踌躇。1940年7月26日，吴宓同时接到浙江大学和西北大学的聘电，且均言明月薪之数，浙大为380元，西大为460元。吴宓对去留问题大费思量，后经清华要好的同事特别是叶企孙劝说，遂决定暂且蛰伏下来，继续在昆明西南联大任教。1943年2月，清华评议会决定吴宓于1943—1944年度休假，吴应允在休假期间考虑赴贵州遵义浙江大学与成都燕京大学讲学，后因“抗战期间，应加紧工作”为由延缓休假。

    1943年8月4日，吴宓接到陈寅恪由桂林发出的书信，得知陈将于8月中旬携家赴成都燕京大学任教。吴痛感在昆明经济穷迫，精神压抑，工作、生活、爱情等皆不畅快，遂决定赴成都与陈寅恪共同执教燕大。主意打定，吴宓向燕京大学代理校长梅贻宝拍发电报，谓：“宓仍欲来燕京。如可，祈速留止学淑。”时吴宓与元配妻子陈心一生育的长女吴学淑就读于燕京大学，准备转学西南联大，既然吴宓决定赴燕大，转学的事自然停止。由于吴宓假期一直未能批准，直到第二年的8月，教育部才核定本年度休假进修教授名单，西南联大为罗常培与吴宓，他们在休假期间可到国外大学进修，亦可在国内其他大学访学，或者躺在家中睡大觉等，听凭自愿。罗常培谢绝了闻一多、吴晗等“斗士”让其留下来共同一“斗”的挽留，毅然决然地应美国朴茂纳学院之聘，赴美讲学，并任朴茂纳大学和耶鲁大学访问教授。此时吴宓结合教学所得，已写成英文本《世界文学史大纲》《欧洲文学史大纲》《文学与人生》等三本著作，因无暇修订梓行，遂向梅贻琦报告，欲借休假之机完成以上三书的修订并译成中文，同时还因对陈寅恪的牵挂，决定赴成都燕大等校讲学。梅贻琦概允，但嘱在蓉“只可讲学，不可授课”云云。

    1944年9月23日，吴宓由昆明出发，经贵阳、遵义、重庆、白沙，于10月26日傍晚来到成都燕大，得以与老友陈寅恪相聚一校。对于二人相见后的情形，吴宓之女吴学昭在《吴宓与陈寅恪》中这样记述道：“父亲与寅恪伯父四年多不见，感到寅恪伯父显得苍老，心里很难过。使他更为担心的是寅恪伯父的视力，右眼久已失明，唯一的左眼劳累过度，而战时成都的生活又何其艰难！寅恪伯父有‘日食万钱难下箸，月支双俸尚忧贫’的诗句，说明物价飞涨，货币贬值的严重。从父亲当时中的片言只字，也可看出一二：‘晚无电灯，早寝’，‘无电灯，燃小菜油灯’，‘窗破，风入，寒甚’，‘晚预警，途入驰奔’，‘旋闻紧急警报，宓与诸生立柏树荫中，望黯淡之新月，远闻投弹爆炸之声’。”又说：“父亲很清楚，对于寅恪伯父来说，视力是何等的重要。然而，使父亲最为忧虑和担心的事，不久还是发生了。”据