就在傅斯年、郑天挺、周炳琳对蒋梦麟的离职满含悲愤口诛笔伐之时，远在美国的胡适，一直持冷静、客观的态度看待这一变故，并以和事老的口气不愠不火地为蒋开脱，强调梦麟此举实乃是“为政府征调，只是暂局”云云，以此消融北大诸教授的怨声与愤慨。当国府发布胡适出任北大校长的消息后，胡没有推辞，而当时他在美国的尴尬处境也不容许推辞。回国执掌北大，无论是对胡氏个人还是政府，都是一件保存体面、如释重负的最好解脱机会。但在正式出山之前，像过去皇帝登基需要有一个“劝进”程序一样，表面上的“逊让”文章还是要做一做的。于是，胡适拍发了一封致朱家骅、蒋梦麟（南按：胡文称孟邻）、傅斯年三人的电报：

    骝先、孟邻、孟真三兄鉴：

    江、微、鱼电敬悉，缓复乞恕。世界教育会议，当勉强遵命参加。民国二十年以后，北大复兴，孟邻兄领导之苦心伟绩，弟所深知，北大复员，仍不可无孟邻兄之领导。曾于上月托张仲述带信与北大同仁恳切工述此意。孟邻兄为政府征调，只是暂局，孟真兄肯扶病暂代，最可感幸。将来弟归国，若不得已，亦愿与孟真分劳，暂代一时，以待孟邻兄之归，此意至诚恳，乞亮察，并乞转陈主席与咏霓兄，并恳转致北大同仁，至感。弟在外八年，结束稍需时日，拟明年二月海道归国，并闻。

    弟胡适蒸（十月十日）电文发出，礼数算是尽到，既是答应暂代一时，那“一时”的长短与何时权归旧主，只有看天命人事了。正是这封电报，意味着蒋梦麟与北大彻底脱离关系，这时的蒋或许已经料到，此次一别竟成永诀，再也没有机会回到他付出过心血与痛楚、充溢着光荣与梦想的北京大学了。

    因胡适尚在美国，在归国之前，国民政府任命傅为北大代理校长，并聘为西南联大常务委员。在这种情形下，按朱家骅的说法，傅“不得不勉强答应”。

    1945年9月20日，傅斯年以西南联大常委、北京大学代理校长的身份参加了在重庆召开的全国教育善后复员会议。会议就内迁教育机关复原以及教育秩序整顿等问题进行了讨论和议决，参加者有朱家骅、翁文灏、李石曾、蒋廷黻等政学两界大腕。傅氏在会上极其活跃与情绪化地指手画脚，并公开为朱家骅出谋划策，其形态立即引起了相当一部分入会者的反感。原清华大学历史系主任、时为联合国善后救济总署中国代表及国民政府善后救济总署署长的蒋廷黻，对傅氏张牙舞爪的做法更是深恶痛绝，当场不无讽刺地谓傅斯年是“太上教育部长、太上中央研究院总干事，太上北大校长”。傅听罢反唇相讥，说自己只做“太上善后救济总署署长”。蒋廷黻见傅脸呈猪肝色真的动起怒来，怕节外生枝，引起对方的心脏病，遂不再攻击。事后，傅斯年给夫人俞大綵的信中道出了自己的委屈：“事实是骝先好与我商量，而（他）十之七八不听，然而外人不知也，以为他的一切由我负责。”不管朱家骅听不听，傅斯年摆出一副“太上”的架式当是附合实际的。

    通过这次会议，傅斯年更加认清了教育界局面复杂与派系争斗的险恶，他在给北大法学院院长周炳琳的信中不无忧虑地说道：“弟贸然代理，半年之后，必遭天殃，有不得不与兄相约者，弟固跳火炕矣！而公等亦不当立于高峰之上，搬请以为乐也，除非大家努力，齐一步骤，此局不易维持也。北大之敌人多矣，随时可来算账，且此时不攘外即无以自立，此尤使弟斗志奋发，而又不得不戒惧者也。”从此信可以见出，傅斯年已做好与一切北大之敌开打的准备了。

    9月25日，蒋介石在军委大礼堂为此次会议结束召开宴会并致辞，大旨为：1.各校迁移应在明年课业结束之后；2.西北西南各校除少数外，宜留设原处；3.战后建设应农、工并重；4.未来学校发展应质、量并重云云。重