与关麟征大不相同的是，挟着铺盖卷回到重庆的李宗黄，狷狂的性格依然没有改变，无论是面见党国大员还是一国之主蒋介石，他仍昂头挺胸，做大义凛然状，为自己的行为辩解，坚持认为昆明惨案自己不但无过，反而有功于党国，是政府“戡乱”的功臣，所有的罪过全是昆明共产党暗中捣乱的结果。直到翌年5月，李宗黄还四处喊冤，并向行政院院长宋子文鸣冤叫屈，坚称：“昆明学潮，纯为反动派有计划有步骤之政治阴谋，一切罪恶，假此而行，其所资为口实者，不外禁止集会与发生惨案两事。”而当12月1日极不幸的惨案发生之时，“宗黄已交代省主席之职，然仍与军政当局上紧缉凶，翌日即行破案。旋承中央命，指派新主席卢汉，警备总司令关麟征与宗黄三人，共同审判，严厉惩凶，并决定从优抚恤死者，从国法人情立论，此案本可了结。不意阴谋之辈，不逞之徒，以惨案为奇货可居，以学子为政争工具，竟四处活动，百计中伤，不惜淆乱是非，颠倒黑白，甚至血口喷人，借刀杀人，极尽穷凶极恶，丧心病狂之能事。须知吾人革命，以仁爱为目的，以青年为骨干，对于一般学生，向来爱护周至，即个人立身处己，尤与天下人以共见……”

    李氏离开昆明到重庆后上蹿下跳，喊冤叫屈，弄得蒋介石左右为难，迟迟不能对这位“有功于党国”的“忠臣谋士”作出革职还是升迁的抉择。而对于李氏的四处张扬与撇清，外界纷传，但大多不以为然，个中态度，梅贻琦直接表示“便可不理”。而傅斯年在写给夫人俞大綵的信中，更具有水泊梁山好汉风格地直呼“李宗黄该杀”！他明确表示“昆明学潮之起源，校内情形复杂，固为一因，但当局措施荒谬，极为重要”。为此，傅斯年详细地述说了当局的荒谬经过：

    11月25日晚，学生有会，地方当局（关麟征、李宗黄、邱清泉）禁止，学生仍开，遂在校外大放枪炮，幸未伤人，次日罢课。学校当局一面向地方当局抗议，一面劝令学生复课。乃李宗黄（代主席）所组成之“联合行动委员会”竟于12月1日派大队人分五次打入联大，两次云大。其中一次有人在师范学院放炸弹，死者四人，锯去大腿　 　 者一人，还有一人可成残废，此外重轻伤十余人，此等惨案有政治作用者岂有不充分利用之理？四个棺材一条腿，真奇货可居，全昆明闹得不亦乐乎。我就是在此情况下到昆明的（4日），我对于李宗黄等之愤慨不减他人。同时也希望学校能复常轨。我的办法，真正敢作敢为，彼时大家汹汹，居然能做到不出新事件。到了11、12日，我本有可以结束之事，忽知其不易（以有党派鼓动），随又转变一种办法，即加压力于学生也。此时梅亦返校，我们二人请辞职，教授决议，如学生不复课，即总辞职。有此压力，有的上课。而学生会亦渐渐下台。我走时，此局已定，有尾巴，我不赞成再让步，由梅料理，故我先走。大致说20日上课者约十分之一，24日上课者约十分之二，26日全上课。我于24日返渝。

    总括说：

    （1）地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀（第五军长），关麟征代人受过。（2）学校内部有好些不成话之事，非当年之北大、清华可比矣。

    （3）此次惨案，居然告一段落，太不容易。我所办的，除若干共党及C。C外，尚未有责备我者，而称颂我者甚多。

    （4）学校以后之善后，我实在办不了啦。

    我之辞职未准，但联大一职必辞，决不再去昆明。梅月涵心中如何打算，我不能了了，他专听潘光旦等人之话尤不可解，我岂能再代他受过。北大一职，可以不辞，静待适之回国。本当早赴北平，偏偏这些事打岔，现在北平太冷了，等过了三九阳历二月中旬再去，方妥。此时要开政治会议，回李庄也回不来，我本辞政治协商会议，而辞不掉。当