令刘文典没有想到的是，他的磨黑之行，在西南联大校园引起了波澜。当时清华聘任委员会已召开会议，议决续聘刘为联大文学院中国文学系教授。但清华中文系代主任闻一多对刘氏的磨黑之行大为不满，认为此人的所作所为有失一位学者的操守，不足以为人师表，不但不寄发聘书，并以手中掌控的权力将刘氏解聘，欲革出清华。众教员闻讯，觉得事关重大，尽管刘文典磨黑之行，无视顶头上司、清华中文系代主任闻一多的存在，居然不打招呼，独自出走，属于典型的“犯上”，但并没有“作乱”，因而罪不当革职并被扫地出门。众人纷纷为刘氏讲情，企图挽救“国宝”于危难。据同为中文系教授的王力在《我所知道闻一多先生的几件事》一文中回忆：“系里一位老教授应滇南某土司的邀请为他做寿文，一去半年不返校。闻先生就把他解聘了。我们几个同事去见闻先生，替那位老教授讲情。我们说这位老教授于北京沦陷后随校南迁，还是爱国的。闻先生发怒说：‘难道不当汉奸就可以擅离职守，不负教学责任吗？’他终于把那位教授解聘了。”

    刘文典被革职的消息传到磨黑，刘氏在震惊之余惶恐不安，顾不得吞云吐雾，缥缈于蓬莱仙境驾鹤逍遥了，匆忙于7月25日写长信向梅贻琦申辩，试图挽回颓局。信函如下：

    月涵先生校长道鉴：

    敬启者，典往岁浮海南奔，实抱有牺牲性命之决心，辛苦危险皆非所计。六七年来亦可谓备尝艰苦矣！自前年寓所被炸，避居乡村，每次入城徒行数里，苦况尤非褚墨之所能详。两兄既先后病殁湘西，先母又弃养于故里，典近年日在贫病交迫之中，无力以营丧葬。适滇南盐商有慕典文名者，愿以巨资请典为撰先人墓志；又因普洱区素号瘴乡，无人肯往任事，请典躬往考察，作一游记，说明所谓瘴气者，绝非水土空气中有何毒质，不过疟蚊为祟，现代医学尽可预防。“瘴气”之名倘能打破，则专门学者敢来，地方富源可以开发矣！典平日持论，亦谓唐宋文人对瘴气夸张过甚。（王阳明大贤，其《瘗旅文》一篇，对欧阳修文瘴气形容太过）实开发西南之大阻力，深愿辞而辟之。故亦遂允其请。初拟在暑假中南游，继因雨季道途难行，加之深山中伏莽甚多，必结伴请兵护送，故遂以四月一日首途。动身之先，适在宋将军席上遇校长与蒋梦麟先生、罗莘田先生，当即面请赐假，承嘱以功课上事与罗先生商量，并承借薪一月治装。典以诸事既禀命而行，绝不虞有他故。到磨黑后，尚在预备《玄奘法师传》，妄想回校开班，与东西洋学者一较高下，意为祖国学术界争光吐气……不料五月遽受停薪之处分，以后得昆明友朋信，知校中对典竟有更进一步之事。典初尚不信，因自问并无大过，徒因道途险远，登涉艰难未能早日返校耳。不意近得某君来“半官式”信，云学校已解聘；又云，纵有聘书，亦必须退还；又云昆明物价涨十数倍（真有此事耶，米果实贵至万元耶），切不可再回学校，长为磨黑盐井人可也。其他离奇之语，令人百思不解。典此行给罪在不可赦，学校尽可正式解聘，既发聘书，何以又讽令退还。典常有信致校中同仁，均言雨季一过，必然赶回授课，且有下学年愿多教两小时，以为报塞之言。良以财力稍舒，可以专心全力教课也（此意似尚未向罗先生提及也）……典现正整理著作，预备在桂林付印，每日忙极（此间诸盐商筹款巨万，为典刊印著作，拙作前蒙校中特许列为清华大学整理国学丛书，不知现尚可用此名称否，乞并示知）。今得此书，特抽暇写此信，记莘田先生转呈。先生有何训示亦可告之莘田先生也。雨季一过，典即返昆明，良晤匪遥，不复多赘。总之典个人去留绝对不成问题，然典之心迹不可不自剖白，再者得地质系助教马君杏垣函，知地质系诸先生有意来此研究，此间地主托典致意，愿以全力相助，道中警卫，沿途各处食宿，到普洱后