于成为院士的郭沫若，因郭氏此时已受到中共方面的重用，并开始在政治文化界大出风头，对这个国民党政府赠与的学术头衔早已不屑一顾了。

    1948年夏天，在美国的傅斯年突然提出回国，夫人俞大綵劝他再静养些时日，但傅执意欲归，且慷慨陈词：“国内要做的事太多，岂能偷闲而安居异国乎？”俞大綵不好阻拦，只把儿子傅仁轨留在美国一个亲友家中继续读书，夫妇二人回归祖国。抵达南京后，傅斯年重新执掌史语所所务，夏鼐的代理所长就此告一段落。

    1948年6月9日，中央研究院在京人员搞了一个庆祝成立二十周年纪念活动。据参加活动的石璋如回忆：“上午开会，晚上就请吃饭，从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称做游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃、喝酒都可以，可是天气不巧，打了响雷下起阵雨，大家就集中到总办事处的演讲大厅去。我记得研究所内还有杨希枚领头唱平剧，非常热闹。”同年9月23日至24日，“国立中央研究院成立第二十周年纪念会暨第一次院士会议”在南京北极阁举行，与会者有朱家骅等51人。为表示对学术事业与知识分子的尊重，蒋介石撇下前线十万火急的战事，亲自出席会议并致训辞，场面隆重热烈。蒋退席后，分别由朱家骅、胡适、张元济三位院士代表致辞，而以商务印书馆掌门人张元济痛斥内战的讲话最为沉痛动人。张说：“抗战胜利，我们以为这遭可以和平，可以好好地改造我们的国家了。谁知道又发生了不断的内战，这不是外御其侮，竟是兄弟阋于墙。我以为这战争实在是可以不必的……但是战端一开，完全是意气用事，非拼个你死我活不可，这是多么痛心的事情。打的时候并没有多久，已经闹到所谓四海困穷。人民有些受不住了。报纸所载，那边的占领了东九省，围攻了太原，打破了开封，现在又进逼济南。关外、山西流亡的学生，成千成万的到了平津武汉和南京，吃没有好好的吃，住没有好好的住，哪里还说什么入校求学呢？前几天我听李润章先生说，他原籍昌黎县，一年之内两方的军队一出一入共有三次，地方的蹂躏也可想而知了。”又说：“战事不到两年，已经成了这个现象，倘若再打下去，别的不用说，我恐怕这个中央研究院也就免不了要关门。”张元济一语成谶，这次院士会议，成为国民党统治时期中国知识分子群体在苦难中深受瞩目和备感荣光的绝响。未久，中央研究院关门上锁，81名院士在战争的硝烟炮火中分道扬镳，踏上了不同的人生之路。