名誉讲师。鲁迅一见顾氏到来，眼里冒火，很快二人就演化成势不两立的仇寇。鉴于层层盘根错节的矛盾，誓不愿与顾颉刚等一路人为伍的鲁迅辞职离开厦门，于1927年1月18日抵达广州中山大学，出任教务主任兼中文系主任。

    傅斯年受聘中山大学并出任文科学长后，对鲁迅渐生厌恶之感，遂力主聘请北大时代的同窗好友顾颉刚到中大任教，其主要任务是“办中国东方语言历史科学研究所，并谓鲁迅在彼为文科进行之障碍”。意在架空鲁迅，扫除障碍。鲁迅一听顾颉刚要来中大，知道是傅斯年等人合谋设下的圈套，顿时火冒三丈，疾言厉色地对前来商量的傅斯年道：“他来，我就走！”此举令傅深为尴尬与不快，但傅斯年以他敢作敢为的作风，顶着鲁迅的巨大压力，最终把顾颉刚请进了中大。鲁迅眼见自己竟成了一个“大傀儡”，于1927年4月21日辞职离开广州，携许广平赴上海开始了公开同居生活。顾颉刚留了下来，除在中山大学任教，还将大部分精力与傅斯年共同主持筹划语言历史研究所。

    1927年5月9日，国民党中央政治会议决定设立中央研究院筹备处，隶属于中华民国大学院。蔡元培正式辞去北大校长之职（蒋梦麟继任），出任国民政府大学院院长。在蔡氏和中央研究院筹备处总干事杨杏佛筹划下，聘请筹备委员30余人，傅斯年、顾颉刚均在其内。这时的中央研究院只设了与国计民生有直接、紧迫关系的理化实业、社会科学、地质、观象等四个研究所。当时既无历史学、语言学或考古学的研究所，更无“历史语言研究所”的立项打算。但霸气十足的傅斯年经过一番权衡后认为，既然是中央研究院，就应该有文史方面的学科加入，否则将有失偏颇。于是纠集“一部分热心文史学的先进”，以“历史语言研究的特别重要；现代的历史学与语言学科是科学”等说辞，凭着北大时代与蔡元培校长结下的良好关系，对蔡氏与杨杏佛等几位决策人物展开游说攻势，声称可“借用在广州语言历史研究所已成就及将建设者，以成中央研究院之语言历史研究所”云云。傅斯年不愧是当年的北大学生领袖，以他特殊的魅力和超人的智能加霸气，终于迫使蔡元培与杨杏佛就范，答应成立一个社会科学方面的学术机关——历史语言研究所。正如傅氏对外界所炫耀的那样：“这一努力显然是很快地成功了。”

    1928年3月底，中央研究院筹备委员会一致通过，“因历史语言研究之重要，决设历史语言研究所于广州，委任傅斯年与顾颉刚、杨振声为常务筹备委员”，以傅斯年为掌门人。这一“无中生有”（傅斯年语）的学术机构的正式设立，令学界人士为之侧目，即是神通广大的胡适都感到有些意外，因而戏称傅氏“狡兔二窟”。

    1928年4月，国民政府决定改中华民国大学院中央研究院为国立中央研究院，成一独立研究机关，任命蔡元培为中央研究院院长，杨杏佛任总干事。下设各研究所及首任所长如下：

    地质所李四光；天文所高鲁；气象所竺可桢；物理所丁燮（西）林；化学所王进；工程所周仁；社会科学所杨端六。

    1928年10月14日，中央研究院历史语言研究所正式宣告成立，所址设在广州东山柏园。傅斯年辞去中山大学教职，应聘出任中央研究院历史语言研究所所长。这一抉择，是傅斯年人生旅程中一个重要的转捩点，也是中国史学异军突起的坐标系，接踵而来的，将是一个“开辟史学新天地”的伟大时代。

    就在史语所成立之时，傅斯年与顾颉刚缘分已尽，开始出现裂痕与冲突。

    傅、顾二人的矛盾表面上没有特殊的标志性事件供后人评断，据顾颉刚的女儿顾潮说，主要原因是两人的性格、志向不同。顾与傅在北大同窗时，谈及各人的理想与志向，顾谓最强者乃知识欲，傅斯年谓最