强者乃政治欲。两人都有刚强的性格，傅斯年博学多才，极具办事才干，甚欲在学术界成为领袖人物，做出一番轰轰烈烈的大事业。但脾气暴躁，霸气十足，在各个方面想把顾氏压服，听命自己的调遣。而顾颉刚则倾心自己的学问，生性倔犟，不吃傅斯年那一套，曾声言只能做自己愿意做的事情，而不能听从任何人的指挥。于是二人关系越来越僵，终于酿成了不能合作之局。

    1929年2月，顾颉刚趁中山大学领导人戴季陶、朱家骅不在校之际，携眷悄然离开了广州返回北平。同年9月受燕京大学之聘，出任历史系教授。随后，顾颉刚分别致信戴季陶、朱家骅，正式辞却中山大学教职。自此，顾颉刚彻底脱离了中大，中大失去了顾颉刚。而傅、顾二人天南地北，时聚时散，却是咫尺天涯，互不提携，终生再也没有一起共事。后来，傅斯年接替胡适在北大办文科研究所，曾想与顾颉刚重续旧缘，聘顾氏为北大研究所教授，但顾表示坚决不重做冯妇，为傅氏驱使，以免遭到压迫与征服的耻辱。傅斯年因失了面子，甚觉恼火，竟暴跳起来，并写信挖苦顾颉刚：“燕京有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾颉刚阅信后则漠然置之，在日记上反讽曰：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辩也。中国学校聘外国教员亦多，岂此外国教员亦为作亡国之准备乎？”从此永未回头。顾颉刚出走后，作为中央研究院史语所所长的傅斯年，开始以他的霸气与超人的办事才能，四处网罗人才，并率先把目光投向了清华国学研究院陈寅恪、赵元任两位导师身上。