米糕和咸鱼味的史学观相抵牾，言谈交往中互不服气，终致个人关系恶化。据钱穆自己回忆说，他与傅斯年只有在批判康有为今文家疑古之说这一点上是同志，过此以往，则泾渭分明。傅斯年赴台去世后，史语所研究员王汎森奉命检查整理傅氏携台的全部档案资料，发现傅与钱之间只有两封通信，且都是为公家之事，其中一封信是钱穆为学生争取奖学金而与姚从吾联名写信给傅斯年的，可见二人关系之薄。

    到了四十年代，傅斯年公开对外宣称他从来不读钱某人的书，而钱穆对傅也已明显地表露出厌恶之情，二人积怨渐深，几乎到了见面开打找练的地步，这一情结和怨仇毕生都未能化解。据一位知情者回忆，钱穆尝谓傅斯年霸气十足，是水泊梁山忠义堂里的山大王一类人物，就是一个造反起事的土匪头头。而傅斯年则骂钱穆属于狗头猫脑的鼠辈，充其量是一个南方小裁缝，根底肤浅，不足为谋。抗战之后，钱穆的《国史大纲》出版，一度出任浙江大学史地系教授兼主任，时为中国地理学会总干事的张其昀（字晓峰），在重庆中央研究院总办事处见到傅斯年，询问对此书的看法。张某人明知钱、傅二人不合，故意询问，无非是一种阴暗的心理在作祟，挑拨是非，看个热闹。傅斯年当然不傻，知道对方之意但又不把对方与钱穆等他心目中的鼠辈人物放在眼里，遂高声回答道：“我从来不读钱某人的书文一个字。钱某人屡谈西方欧美学术如何如何，那些知识其实都是从《东方杂志》转抄而来的，没有什么自己的发明创造。”

    张其昀听罢，立即瞪圆了蚕豆状的眼睛，老鼠一样龇牙咧嘴地“吱吱”怪叫着回敬道：“你既然号称不读钱某人书文一字，又如何知道得这么详细？”

    傅氏涨红着脸“吭”了一声，尔后愤然骂道：“他妈的，不读他的书就不知道其浅薄可笑了？你见过你老爷爷，也就是你爷爷的老爸没有？”

    对方不知何意，摇着头道：“没有，早死个球的了。”

    “你有没有老爷爷？”傅斯年快速问着，晃动着小山包一样的身躯，急步向前，摆出要以体积乘速度，给对方致命一击的架式。

    “我当然有老爷爷！”对方见势态不好，后退几步，嗫嚅着说。

    傅斯年突然仰天哈哈大笑，继而又面色严肃地说道：“此谓我不读钱某人书文一字，乃知其荒唐之故也！”

    张其昀愣了一会儿，终于醒悟，深为傅斯年的嬉笑怒骂所惧，怕再争执下去不但看不到对方的热闹，弄不好会被眼前这位活阎王暴打一顿，乃缩头勾背，老鼠一样一步三回头，连蹦加跳地溜走了。

    从钱穆晚年的回忆文章可知，他在北大和西南联大时，交往最密切的是汤用彤、蒙文通和熊十力等辈。这些人都不是“新文化运动”中人，唯有例外的是顾颉刚——尽管顾在这个运动中没有多少可圈可点的功绩可言。钱穆对顾一直抱有知遇之恩，他之所以离开西南联大赴成都协助顾，与顾颉刚的邀约有关，但也与那时校园的政治空气有联系。据钱穆自述：“自余离开联大以后，左倾思想日益嚣张，师生互为唱和。闻一多尤为跋扈，公开在报纸骂余为冥顽不灵。……凡联大左倾诸教授，几无不视余为公敌。”闻一多跳着脚尖大骂钱穆不是个东西的情形，虽然发生在钱氏离开联大以后，可以想见，在他未离开以前，已经有了不少反对者，对立面仍在不断扩大增长中。就当时钱穆的为人处事而言，也并不是如傅斯年所说的臭狗屎一堆，一无是处，对其深表同情和支持者还是大有人在，如后来在成都燕大任教的史学大师陈寅恪就对钱氏说，倘若在昆明，当“可以诽谤罪将闻一多等人讼之法庭”。正是由于派系倾轧与各方面错综复杂的缘由，钱穆接受了顾颉刚的建议，辞去西南联大教职，于1939年9月先回苏州老家探亲，尔后赴四川成都齐鲁大学研究所任职