阁档案留守北平外，其他人员全部南迁。陈寅恪不忍舍弃清华园生活环境与学术氛围，没有随所迁移，仍留校任教，同时改任史语所“专任研究员暂支兼任薪”（南按：意为陈氏在史语所的主任与研究员名义保留，但只给一点薪金补贴，主要薪水由清华支付。）这是陈寅恪与他所统领的史语所历史组共同相处了四年之后首次分别。就陈寅恪当时的情形言，史语所自广州成立之日起，就有迁北平的打算，而陈氏之所以答应傅斯年出任历史组主任，正在于史语所迁北平后自己可以两头兼顾，或者辞去一头而专顾另一头，无论是在清华园任教，或到城内史语所办公处从事专门的学术研究，二者皆可。想不到史语所仅在北平四年就来了个“孔雀东南飞”，一口气跑到了上海，独自留在清华园的陈寅恪遂有辞去史语所职务的打算，只因时局动荡，史语所最后在何处落脚生根仍未有明确的目标，尽管有定居南京的议案，但毕竟没有落实，何况政局不稳，说不定哪一天又出个什么岔子，再度返回北平亦未可知。于是，陈寅恪只好采取静观待变的态度，视具体情形再作最后打算。1934年，中央研究院在南京北极阁兴建的办公地点陆续竣工，大部分研究所陆续迁入，史语所随之由上海迁南京，同年5月增设人类学组，并于筹备完成后的1935年聘请欧洲归国的大字号“海龟”吴定良博士主持。就在这个时候，陈寅恪产生了辞去史语所历史组主任，一心一意在清华园教书的想法，但未得到蔡元培和傅斯年应允。

    1936年春，傅斯年致函陈寅恪，请其赴南京参加史语所会议，就未来大政方针和发展方向进行商讨。陈寅恪思虑再三，于1936年4月8日致函傅斯年，决定不予出席，并正式提出辞呈。函曰：

    孟真兄左右：

    首示敬悉。所以稽迟未即奉复者，以尚未决计南行与否故也。今决计不南行，特陈其理由如下：清华今年无春假，若南行必请假两礼拜，在他人，一回来即可上课，弟则非休息及预备功课数日不能上课，统合计之，非将至三礼拜不可也。初意学生或有罢课之举，则免得多请数日之假，岂知竟不然，但此一点犹不甚关重要。别有一点，则弟存于心中尚未告人者，即前年弟发见清华理工学院之教员，全年无请假一点钟者，而文法学院则大不然。彼时弟即觉得此虽小事，无怪乎学生及社会对于文法学院印象之劣，故弟去学年全年未请假一点钟，今年至今尚未请一点钟假。其实多上一点钟与少上一点钟毫无关系，不过为当时心中默自誓约（不敢公然言之以示矫激，且开罪他人，此次初以告公也），非有特别缘故必不请假，故常有带病而上课之时也。弟觉此次南行亦尚有请假之理由，然若请至逾二星期之久，则太多矣，此所以踌躇久之然后决定也。院中所寄来之川资贰佰元，容后交银行或邮局汇还。又弟史语所第一组主任名义，断不可再遥领，致内疚神明，请即于此次本所开会时代辞照准，改为通信研究员，不兼受［任］何报酬，一俟遇有机会，再入所担任职务。因史语所既正式南迁，必无以北平侨人遥领主任之理，此点关系全部纲纪精神，否则弟亦不拘拘（泥）于此也。所欲言者尚多，特先约略奉复，即希鉴谅，并代候诸公，至深感幸。敬叩撰安弟　 寅恪顿首四月八日傅斯年接信，对陈寅恪提出的不出席会议和辞职事皆不照准，退而求其次，想出了一个“两头兼顾”之法，让陈氏只出席几天会议，保证一个星期内可返北平。为了加重邀请的砝码，傅斯年与李济联名拍发电报，以示尊崇和迫切之情，但陈氏仍未南下。4月13日，陈寅恪在致傅斯年、李济的信中说道：“前日奉到来电，又迟疑久之，至今日仍决计不南行，殊负盛意，惶愧之至。弟虽可于一星期内往返，但事实上因身体疲劳及预备功课之故，非请假两星期不可。自昨日起，又略感冒受谅，则短期内往还之可能更少矣。又弟请于暑假后