1928年，陈寅恪加入中央研究院史语所并出任第一组（历史组）研究员兼主任。与李济和赵元任不同的是，因陈寅恪不舍得丢掉清华国学研究院这个与自己建立了血肉情感的学术阵地，以及那些好学上进的学生，虽答应了傅斯年聘请，并未前往广州赴任。当盛极一时的研究院解体后，陈寅恪仍在清华园担任大学改制后的历史、中文两系合聘教授，史语所一组主任职务属遥领性质，除人员聘请、职称晋升与研究课题等大政方针亲自操劳，具体事宜并不过问。

    1929年春末，中央研究院史语所由广州迁往北平北海静心斋办公，陈寅恪得以与史语所同仁会合，并有了经常在一起研讨的机会。而这个时候，经陈寅恪与天津一位叫李盛铎藏书家无数次谈判，终于把清宫流出的号称8000麻袋，计约6万公斤内阁档案（南按：即满清入关后的档案文书，曾作为废纸被卖掉，后被罗振玉、李盛铎先后获得），以史语所名义买下并运到北海静心斋供陈寅恪主持的一组整理研究。——这是史语所自成立以来所获得的第一笔宝贵史料和学术研究资源，史语所“有此一得，声光顿起”，达到了一鸣惊人，为天下学界所重的奇效。随着安阳殷墟发掘成果的扩大，史语所威望日隆，成为傲视群雄的学术重镇。正如董作宾后来在《历史语言研究所在学术上的贡献》一文中所言：到了1948年，中央研究院已有13个研究所，史语所排行第九，“该是一位小弟弟，其实他一向在研究院中被推居老大哥的第一把交椅上”。史语所人员多达84人，比其他的所多一倍至九倍。而“那些兄弟所们，在敬、畏、妒，复杂情绪之下，不能不尊他是老大哥，称之曰‘大所’”。

    正在往“大所”路上行走的傅斯年自搬来北平，大有潜龙归渊，虎踞深山之势。除了统率史语所本部人马，傅氏还跃马挺枪杀回北大，于雾色苍茫中争占地盘，以再展当年学生领袖的风采与辉煌。傅斯年入主北大公开的名号是北大文学院历史系兼职教授，暗中的打算是借授课之机，发现读书种子和有希望的学术研究苗子加以栽培笼络，以便其人毕业后拉入史语所，继续扩大“大所”的阵营和声势，后来加入史语所的胡福林——也就是在昆明不辞而别的那一位，就是这个时候被傅斯年发现并着意栽培的学生。对于北海静心斋储存的数量惊人的内阁大档，傅斯年认为非陈寅恪出面主持整理不可，于是要求在北平郊外清华园居住的陈寅恪，立即“改住北平，至少可以在北平住每周数日，以便从事上列（内阁档案）工作”。

    既然担负着史语所历史组主任兼研究员之职，而整理内阁大档的工作又属于历史组，陈寅恪责无旁贷，遂痛快地答应了傅斯年的要求，除保留清华园新西院三十六号的寓所，另在北平城内西四牌楼姚家胡同三号租赁了一处宽敞舒适的四合院，并把其父陈三立，连同本家大嫂从南京接来居住。有了城里城外的两处住房，且两处住宅房间墙上都安装了当时极其稀有的电话，陈寅恪开始比较从容地奔波于两地之间。除在清华授课，大部分时间都在城里北海静心斋带领史语所历史组人员如徐中舒、劳榦、李光涛等人整理内阁档案。这年9月，傅斯年与陈寅恪筹划成立了“历史语言研究所明清史料编刊会”，除傅、陈二人，另聘史学大家朱希祖、陈垣以及年轻的学术中坚徐中舒为编刊委员，拟列了一个庞大的出版计划，历史组人员一边进行整理、分类、编目，一边刊布印行，将珍贵史料公诸于世，取名为《明清史料》。——杖是陈寅恪一生在生活上最舒心、精神上最得意、学术上最有创见的极盛时期。

    可惜好景不长，1931年“九一八”事变之后，日本占据东三省，中国的政治、文化中心逐渐南移。1933年4月，遵照中央研究院总办事处指令，史语所拔寨起程，由北平迁往上海曹家渡小万柳堂办公，除一少部分人员与内