不得不重新考虑找人顶替此职。朱家骅与翁文灏、傅斯年反复商量权衡，决定请叶企孙出山。经过一番周折，叶企孙与梅贻琦终于答应了朱家骅的要求。1941年9月11日，梅贻琦致信叶企孙“足下之去中研院，在清华为一重大损失，在琦个人尤感怅怅，但为顾国内一重要学术机关之发展起见，不应自吝，乃不得不允君请假，暂就该院职务。”9月底，叶企孙离开昆明飞赴重庆，正式接替傅斯年出任中央研究院总干事职。傅则于同年12月初，携妻带子离开重庆，迁往李庄。

    叶企孙与陈寅恪在北平清华园时期就来往密切，堪称挚友。卢沟桥事变前后，叶与陈曾就战争局势与南迁之事多有商谈，直到随校迁往长沙、昆明，二人仍保持深厚的友谊。当陈氏携家由港抵达桂林的消息报告到中央研究院总办事处，叶企孙遥望东南，以极大的热情和爱心关注着这位三百年才出一人的史学大师的命运。未等陈寅恪伏笔作书报告详情经过，叶以上海人特有的细腻与精明，开始为陈氏未来的生活打起了算盘。1942年6月9日，叶致书李庄的傅斯年，大意说：陈寅恪已到桂林，史语所是否有聘其为专任研究员的打算？月薪多少？又说：“薪似可从一月份支起，但从六月起实付寅恪，以前五月薪抵消旅费之一部分。以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”

    傅斯年接信看罢，心想这个叶企孙在杂事纷繁中还惦念着寅恪的工作和一家的生计，其心可感，其情可佳，实乃寅恪不幸之中的大幸。但有一点是傅斯年断然不能同意的，这便是专职与兼职之区别，他在随后复叶企孙信中说：陈寅恪来史语所任专职，则是傅氏本人及全所同仁渴望日久之事，但由于中央研究院和本所有严格的制度和服务规程，故陈寅恪不能常住在桂林而遥领本所专任研究员薪水，必须来李庄住在史语所租赁的房中办公，才可以拿专任之薪。如果陈果能来李庄，其薪金自应为六百元又临时加薪四十元。否则，不能为之。傅斯年再度搬出为梁思永治病，把史语所医务室弄得完全破产的尴尬之事以说明自己是个“于人情之可以通融者无不竭力”之人，而如今“寅恪兄自港返，弟主张本院应竭力努力，弟固以为应该，然于章制之有限制者，则丝毫不通融。盖凡事一有例外，即有援例者也”。此信写罢，傅斯年似觉仍有话没有解释清楚，又在信笺上端一空白处特地注明寅恪何以历来称为“专任研究员暂支兼任薪”之故云云。

    叶企孙接信后，觉得傅斯年所言有理，于是在6月30日回信说“关于寅恪事，尊见甚是，请兄电彼征询其意见，徜彼决定在李庄工作，清华方面谅可容许其续假也。寅恪身体太弱，李庄昆明两地中究以何处为宜，应由彼自定。”

    傅斯年接信，没有按叶企孙所言去做，理由是：“以前此已两函与之商榷此事，而电文又不能明也。然寅恪来信，未提及弟信，来信嘱弟托杭立武兄设法在广西大学为彼设一讲座云云。”

    按傅斯年的意思，既然我两次写信问陈氏来不来李庄，何时来李庄，并把李庄的地域特点、风土人情都作了详细介绍，但陈氏回信除了说自己“正在著作，九月可完”外，“绝未谈及到李庄事”。这让傅斯年深感不解又有点窝火，心想你到底是来还是不来，总该有个说法，如此装聋作哑是何道理？在此种心情驱使下，索性把叶信扔到一边不再搭理。

    7月下旬，中央研究院总办事处办事员刘次箫在致傅斯年的信中附一消息说：“叶先生函商院长聘陈寅恪先生为专任研究员，月薪六百元外加薪四十元，院长已批准照办。俟叶先生将起薪月日函复核，聘书即当寄贵所转寄桂林也。”

    这一突然而至的消息，令傅斯年“甚为诧异”，心想自己并没有收到陈寅恪马上来李庄的信函，又没有