远征军就在博多湾上陆。但是在第一次战役及第二次战役之间，日本的镰仓幕府已动员在元军登陆处建筑了一座长堤，限制了上陆部队人马的活动，战事由六月延至七月，胜负未分，八月初又有台风来袭，船舶倾覆者不计其数，远征军的将领数日后乘巨舰逃回，被遗弃的士兵被日军在滩头围剿，被俘的蒙古人、汉人和高丽人不分畛域的被斩首，迄今博多湾今津及志贺岛尚有所谓“元冠冢”，南人之余存者约二三万则被发配为奴。《元史》“日本传”称“盖行省官（忽必烈已预先立日本行省，其长官包括蒙古高丽汉人南人）议事不相下，故皆弃军归”。朝鲜方面的史料称丧失的兵员在一半以上。《元史》则说中国方面参加的10万人，只有3人逃归，连这3人的姓名也记入《元史》中。日本方面的资料则称蒙古的轻骑兵不能与日本装甲的士兵对比，同时中国方面的队伍士气低落。这两次战役也创造了日本人“神风”的传说。

    日本人两次将忽必烈派去的使节斩首，又两次的使元军远征惨败，他不得不准备第三次远征。一时中国和朝鲜的海岸忙着造船，水手被征集，海盗受招安，囚徒出狱投效，军队发遣分配。1285年冬，政府预备由长江出口米100万石往朝鲜囤集，好像第三次攻势已箭在弦上。可是“世祖本纪”在翌年年初的纪载称：“帝以日本孤远岛夷，重困民力，罢征日本，召阿八赤赴阙，仍散所顾民船。”在下这决心的时候忽必烈不能没有道义上的勇气。然则他在中国领域以外的发展，如在安南和缅甸，以及最后的攻爪哇，也都没有显著的成效和结果。在这当中，我们也可以看清：在现代社会出现之前，很难能有一个陆上强国也可以同时成为一个海上霸王。其动员既如是的耗费，而人民也要被强迫在他们生活领域不能习惯的方向进展，所以很难能持久。

    我们检讨这段历史之余，就觉得虽在700年后，今日想写一部详尽的传记包括忽必烈之一生，仍有相当困难，他的心理因素复杂，有些不见于原始资料。可是要概括元世祖在中国历史上的地位则不难。他和其他创造中国朝代的人物一样解决了当日一大部分问题，可是也制造一部分新问题（这也是大历史着眼之处，不然中国的历史就不会贯穿各朝代的前后联系）。他不仅统一了从五代十国后期就已分裂的南北，而且以一个征服者的姿态出现，也比较稳健温和。和他作对的侄子海都就曾和其他王子立誓不改变成吉思汗的传统。如此我们也可以说忽必烈至少缓和了蒙古向外发展的残暴。只是蒙古人认为他的汉化过度，中国人则认为尚不够。这也是历史上找不出一个同时管理草原文化与中国精密耕作而产生的文化之共通体制，因之忽必烈到处妥协，他留下的传统也没有真实的力量。