会形态学、农民社会现代化（中、西、俄之比较）、明清史、中国古代史等。

    曾获：中国高校教师霍英东奖（1991年）、陕西省社会科学成果奖（1990年）、五次获陕西师大科研成果综合奖（1987年、1988年、1991年、1993年、1994年）、陕西师大青年优秀论文奖(1989年)等。个人承担并完成了七。五国家社科基金项目《田园诗与狂想曲》；参加国家六.五——七.五规划的历史学科重点项目多卷本《清代全史》与《清史人物传稿》，以及陕西省社会科学重点项目十卷本《陕西通史》等。

    主要著作：

    1、《田园诗与狂想曲：关中模式与前近代社会的再认识》，1996年，中央编译出版社。

    2、《农村公社、改革与革命》（合著），1996年，中央编译出版社。

    3、《天平集》，1997年，新华出版社。

    4、《市场的昨天与今天：商品经济、市场理性、社会公正》，1998年，广东教育出版社。

    5、《耕耘者言：农民学文集》，1999年，山东教育出版社。

    6、《江浙乡镇企业转制案例研究》，1997年，香港中文大学。

    7、《学问中国》（合著），1998年，江西教育出版社。

    8、《问题与主义：秦晖文选》，长春出版社1999年。

    9、《政府与企业以外的现代化：中西公益事业史比较研究》，浙江人民出版社，1999年。

    10、《五四新论》（合著），台湾联经出版公司1999年。

    11、《陕西通史·明清卷》，陕西师范大学出版社，1997年。

    12、《陕西通史·宋元卷》，陕西师范大学出版社，1997年。

    13、《陕西通史·魏晋南北朝卷》（合著），陕西师范大学出版社，1997年。

    14、《南非之魂：曼德拉》（编译），中国对外经济贸易出版社，1998年。

    参与撰写的集体著作：

    1、 王戎笙主编：《清代全史》第二卷，辽宁人民出版社，1991年（秦晖撰写第二章）。

    2、 清史编写委员会：《清史人物撰稿》中华书局，1986年（秦晖撰写《高氏传》等部分栏目）。

    3、 郭琦主编：《陕西五千年》陕西师大出版社，1989年（秦晖撰写宋元明清部分约19万字）。

    4、 赵文润主编：《中国古代史新编》陕西人民出版社，1989年（高等师范学院教材，秦晖撰写清代部分9万字）。

    5、 史念海等编：《可爱的陕西》陕西师大出版社，1991年（秦晖撰写宋元明清、历代农民战争、思想文化部分）。

    古籍整理、点校：（明）吴珄：《柴庵疏集》、（二种合刊）浙江古籍出版社，1989年。

    他主编的《农民学丛书》除上述第一、二两书外，还包括：

    A·恰亚诺夫：《农民经济组织》，肖正洪译，秦晖序。

    J·S·米格代尔：《农民、政治与革命》，李玉琪译，秦晖序。

    曹幸穗：《旧中国苏南农户经济研究》。

    孙达人：《中国农民变迁史》。