。相反，他固守自己的基本等级观点，简单地认为水生哺乳动物类型更原始，是发展阶梯上先出现的类型。而没有解释水生哺乳动物怎么来自于爬行动物的。

    如果进化真是设计好了的过程，那么上帝在宇宙中所确立的指导力量的性质是什么？钱伯斯有时暗示，可以认为这种力量控制着日常的自然过程，例如，他引用过一个流行的迷信，假如将燕麦种在地里并使其过冬，来年就可以生长出裸麦。但是他对这个问题的详细讨论意味着这种建设性力量是不可观察的。在转变过程中，有更高级的力量介入，并且产生出在一般观察基础上无法预见的变化。因为这种变化遵循了造物主的意愿，于是人们便会将“机制”仅仅当作一系列不明显的奇迹。然而，钱伯斯却提出，应当将这类时间的建立当作在自然界建立的“更高级”法则的显示，而且，这种法则能够随时干涉我们日常所观察到的法则。

    在查尔斯·巴贝奇非正式的《布里吉沃特论集九》（Babbage，1838）中，有对这个问题的权威论述，钱伯斯详细引述了巴贝奇的看法。巴贝奇早就提出，表象上的奇迹事实上可能是一些更高法则的产物，而不是纯粹的超自然作用。巴贝奇发明过现代计算机的前身——“计算机器”，并且提到他可以设定这种机器，使它的运行根据预定计划变化。上帝可能确实在宇宙中建立了这种预定图景，从而使得日常的自然法则不断地以某种方式发生改变，这样在观察因果关系的人看来像是奇迹出现，钱伯斯提到的一系列转变很适合这样的解释；通过个体的作用使之彼此适应，从而产生出一个合理的图景。钱伯斯采纳了巴贝奇的观点，转而将上帝视为伟大的程序员，他在宇宙中建立了进步的法则，通过一系列诸如生殖等日常法则的变化，便能显示出进步。科学家无法分析这种变化的原因。他只能看到整个图景，并将其称之为“进步的法则”，但是科学家无法理解程序已定的机制本身。

    既然《自然创造史的痕迹》只不过提出了一种猜想，认为造物主是通过一些神奇的发展法则而不是通过奇迹起作用，那么这种观点应该被当时的一些刻板的思想家所接受。但是钱伯斯拒绝隐瞒这种猜想的进一步含义，从而遭到多数同代人的憎恨。因为，既然创世的法则是进步的，那么人类就应该是进步过程中的最后一个阶段，是动物界中最高等的产物。钱伯斯明目张胆地提出，人类的特征并不是来源于他的精神特性，所以人与动物是有联系的，人类来源于进化过程中正在发展的特性的扩展。人类并不位于自然法则之上，因为他也是受法则控制的宇宙产物和成员。他之所以有出众的智力，是脑量增加的结果，是动物组织普通进步的必然结果。为了提出脑是思维的器官，钱伯斯利用了“骨相学”的思想，骨相学在19世纪早期很流行（Young，1970a，Cooter，1985）。像乔治·库姆这样的骨相学家就曾提出，脑决定了思维，而且有可能研究出脑的哪个部分决定了哪中心智特征。到了世纪年代，骨相学的系统已经退化成一种猜谜游戏，一个人的特征是根据他的颅骨的表面凸起来描述的，这种方法根据错误的假设，即认为凸起表示相应部分的脑发育良好。尽管如此，钱伯斯还是利用骨相学的基本概念证明他的人与动物相关的唯物主义含义。

    《自然创造史的痕迹》一书销路很好，向很多人传播了作者的异端学说，但是科学界和宗教界却对这部书普遍持有异议。许多杂志上都发表了评论，贬斥这部书中粗糙的唯物主义，试图在这部书动摇宗教和社会规则的基础之前，就扼杀它。塞治威克在《爱丁堡评论》（Sedgwick，1845）上发表了一篇长达85页的批评文章，宣称需要保护“我们娴淑的少女和主妇”，使她们免受这种邪恶思想的毒害。已经在其《旧红砂岩》一书中向“发展假说”发出过挑战的修