音乐会或是去跳舞。

    躲开了系主任的日常事务，鲍林有充裕的时间来完成一个已经酝酿了很久的大项目——将自己有关化学键的所有思想写成一本书。贝克讲座是他的出发点，但是最终的内容将更为广泛。在伊萨卡逗留的几个月时间里，他写出了初稿，并在1938年回到理工学院之后对手稿进行了扩充。

    《化学键的本质和分子及晶体的结构：现代结构化学入门》在1939年出版，立刻成为一部经典的著作。它的读者对象是高年级的化学专业研究生，但是其影响远远超出了教科书的范围。这部著作将改变全世界科学家对化学的认识。以往，化学被视作以一些实用公式描述的经验数据的大杂烩，但鲍林在此书中首次用一种物理理论——鲍林对于化学键的量子力学思想——统一了这一切。阐述化学键的性质如何决定分子结构，分子结构又如何决定化学性质，按照马克思·佩鲁茨的说法，鲍林首次“使人们理解了化学，而不用死记硬背”。在书中，鲍林还向化学家们介绍了Ｘ射线和分子衍射这两种确定原子键长和键角的重要工具，并通过这些工具来揭示化学键的本质。在这本书出版之前，很少有化学家注意到神秘的晶体学；在这本书出版之后，没有化学家再敢忽视其价值。

    这本书条理清晰，使用的语言也是化学家喜闻乐见的。鲍林故意剔除了几乎所有的数学公式以及量子力学的详细推导过程，而注重描述现实世界中的实例。书中到处是分子的结构示意图；尽管涉及的内容很广泛，但是十分通俗。

    这本书的出版立即引起了热烈的反响。一封来自依利诺伊大学教授的信代表了多数读者的想法：“我忍耐不住激动的心情，提笔向您表示祝贺。我觉得这是我读过的最出色的化学著作之一。”鲍林将此书献给路易斯。路易斯写道：“我刚过完一个短假。我随身携带的书包括几本侦探小说和你的‘化学键’，而后者更为令人着迷。”再说，此书的销售情况也很好。

    很快，《化学键的本质》一书成为全国大多数最好的大学采用的标准教材。它后来共出了三版，被翻译成法语、日语、德语、俄语和西班牙语，在几乎30年的时间里一再印刷。这本书将成为新一代化学家的圣经，并成为科学史上被引用最多的参考书之一。

    在1939年，只有一个人对这本书提出了批评意见。这本书通篇的口气绝对自信，哈佛大学的化学家基斯塔科夫斯基在《美国化学学会学报》上发表的一篇大体肯定的评论中忍不住说：“鲍林博士如此成功地解决了本领域中的许多问题，所以可以理解他在书中流露出来的认为帕萨迪纳研究成果绝对正确的态度和他有些像教皇般的口气。”

    与鲍林一起进行血红蛋白研究的合作者查尔斯·科耶尔读到了这句话。当他在校园里又一次看见鲍林的时候，他高声地向“教皇莱纳斯一世”致意。鲍林觉得这个称呼非常有趣，但是提醒他说，在罗马天主教早期已经有一位叫莱纳斯的教皇，所以更贴切的称呼应该是教皇莱纳斯二世。

    当鲍林在1938年年初从康奈尔回到加州理工学院的时候，他发现科里在这几个月的时间里，在对氨基酸结构的研究上取得了惊人的进展。在失业阴影的压力下，科里日以继夜地工作着，在甘氨酸结构上的研究已经接近尾声。鲍林惊喜万分，同意科里继续他的研究工作，并将研究范围扩大到二酮哌嗪，由两个甘氨酸组成的环状结构，以获得有关肽键的知识。

    科里精力充沛，一丝不苟，并创新地运用了许多Ｘ射线分析的新技巧。他很快就攻克了二酮哌嗪的结构，随后又在1939年与加斯·埃尔布莱希特合作，详尽地描述了甘氨酸的结构。这两篇论文成为蛋白质结构理论发展的里程碑。

    科里将在加州理工学院度过其学术生涯的后二十年，成为鲍林Ｘ射线实验室