在别人的忧惧惶恐之中，鲍林顺利地担当起了系主任的角色，这主要应该归功于他沿用了诺伊斯的行政管理体系，并把主要的精力放在了自己的科研工作上。作为系主任，他需要抛头露面，外出旅行，讲演，提高学校的知名度，并吸引大笔的赞助。其他的一切事务都委派别人去做。他说：“作为行政管理人员，我出于某种原因，养成了把几乎所有事情都交给别人去办的习惯。”他让自己以前的研究生斯特迪文特当了自己行政方面的助手。这一选择十分正确，因为斯特迪文特务实、果断——他负责化学系的仪器车间，在日常行政事务之外还设计并制造了一些精密的化学仪器设备——在一个教授的记忆中，他是“我所认识的人中最能干的一个”。

    大多数其他的日常决策都由系里的一些常设委员会来制定。甚至连新的系务理事会机构这样一个棘手的问题，也非常容易地解决了：对任何新教师的录用或是别的重大决策，鲍林并不采取所有教师投票的办法，而是通过小范围的投票来解决。在此，鲍林同样显示了他的才干：在投票之前，鲍林都会先去试一试水温，通过非正式的谈话达成一致意见，这样就避免了许多公开的争论。教师会议简短有效，多数教授喜欢这种形式。

    在获得系主任提名后的几个星期，鲍林在给一个朋友的信中写道：“非常感谢你关于我的新职位的来信。我不知道将来会怎么样，但是到目前为止事情并没有朝坏里发展，因为除了在一些最无关痛痒的事情以外，我都成功地逃避了任何责任。”

    关于鲍林“独裁”倾向的忧虑看来是言过其实了。也许全系的科研重点有所转移——诺伊斯偏好的是无机物理化学，而鲍林注重的是新的生物有机化学——但是教师们很快就意识到，不会发生什么大的变动。系里的生活平稳、和谐地延续着，至少在表面上看来如此。

    只有少数例外。托尔曼，作为诺伊斯的好朋友，客客气气地和鲍林保持着距离；在客套之外，他们的关系再没有热络起来。另外一个是唐·尤斯特，一个固执己见、独来独往的无机化学家。鲍林记得他“有些跟我作对”，也许是因为尤斯特对化学系的重点偏离自己的领域心怀不满，也许是因为鲍林对上回尤斯特没能找到他所预言的氙化合物仍耿耿于怀。尤斯特在加州理工学院一直呆到退休，经常和鲍林对着干，在系里的许多决策中他是唯一的反对票。他也不刻意隐瞒自己对鲍林的敌意，有时候发展到两人一句话也不说的地步。

    除了这些偶然事件外，加州理工学院化学系在鲍林的领导下不仅生存了下来，而且进一步壮大。两年之后，鲍林骄傲地向韦弗报告说，化学系的研究生数目从25个增加到了45个，博士后的数量也翻了一番。学生们拥向加州理工学院，不仅因为诺伊斯创建了一个强大的化学系，而且因为现在鲍林是掌门人。他以自己的化学键和分子结构思想推动着化学的发展，在前面领路。30年代中期的一位研究生维纳·舒梅克说：“许多学生是因为听说过鲍林的名字，所以才到加州理工学院来。他也没有让任何人失望。他总能创造一个接一个或大或小的奇迹。”理查德·诺伊斯，依利诺伊大学化学系主任的儿子，在30年代末本可以到任何一个研究生院去学习，然而他选择了加州理工学院，因为它“欣欣向荣，……是世界上学习结构化学的最佳场所。”那时候，鲍林的学生，所有化学系的学生，都觉得自己是一个精英集团的一分子。鲍林的过人智慧和个人风格造就了这种特殊感。他并不隐身于办公室，只有在研讨会发言或者主持会议时露露脸。他现在不必担心自己牢固的地位，时常在走廊里走动，把脑袋探进实验室，和任何一个碰见的人聊聊天、开开玩笑。新生原来以为会遇见一个拒人于千里之外。令人肃然起敬的伟人，然而却发现他友好、随和，而且异常年轻——他只比多数研究生大十