到鲍林和尼曼‘揭穿林奇真面目’的文章之后十分欣喜！是到了对环醇理论下定论的时候了，我相信至少这儿的所有化学家都会欢迎这一举动。就我看来，这一结论是无可辩驳的，我对林奇是否会作出某种反应怀有相当的兴趣。”

    颇具讽刺意义的是，在鲍林和尼曼提交这篇论文前的几个星期，林奇决定放弃蛋白质的研究。由于伯纳尔和剑桥大学研究组的敌意所造成的伤害，她在1939年春天逃离英国，来到美国。她对韦弗说，她在胰岛素研究中得到的数据不够成熟，因而放弃了进一步的工作。鲍林和尼曼的论文发表的时机再糟糕不过了。林奇正在给自己谋求一个教职，给女儿寻找一个住所；为了保住自己的颜面以获得一份差事，她不得不奋起还击。她冲进《美国化学学会学报》编辑阿瑟·兰姆在哈佛的办公室，要求发表自己的反驳意见。兰姆解释说，他可以发表任何对事实的修正或是相关研究的新进展，然而刊物将不考虑发表陈词滥调。几个星期后，林奇送上了一篇长达21页的应战文章，一点一点地反驳了鲍林和尼曼的观点，最后的结论是；“对环醇假设持反对意见的人将论据建立在（由逻辑错误造成的）似是而非的事实基础上，他们的实验也是风马牛不相及的……或者是无足轻重的。”按照一般的程序，兰姆将林奇的手稿送给鲍林和尼曼，并要求他们对此作出评论，以供评阅的人参考。

    鲍林和厄曼又逐段逐段地反驳了林奇的观点，言辞更为激烈：“……怎么也不能容忍这一幽灵在有机化学的文献中继续游荡，”“毫无理由让这一臆想老调重弹，”“我们看见的只是更多的希望，而不是事实。”兰姆将这些硝烟弥漫的文章送交两个仲裁人，然而他们的结论却大相径庭，兰姆只得把全部文章再送交给另外两个仲裁人。每一位读过这些文章的人都被论辩双方的尖刻措辞吓坏了；每个人的解决方案都各不相同。兰姆和一位仲裁人认为，在双方对最后一稿审阅之后，同时发表林奇的文章及鲍林和尼曼的回复；另一位仲裁人建议马上单独发表林奇的文章，然后结束这场论战；还有一位把这场论战比作是世界大战开战的信号弹，建议延缓这一过程以“给双方一个冷静下来的机会”。

    接着，林奇发现鲍林和尼曼在对蛋白质形成所需能量的计算中有误差；纠正这一误差可以把链状结构和环醇结构之间的能量差异减少约三分之一。她在给鲍林的一封信中指出了这一点，然而鲍林回答说，这一变化微不足道，不会影响他们的结论，因此“我们认为不值得以书面形式改正这一错误”。

    然后，林奇又试图从另一个角度来打击鲍林。她在约翰·霍普金斯大学获得了一份临时性职位，与在那里工作的大卫·哈克进行了交谈。哈克在学生时代就与鲍林有过摩擦。林奇向他诉说鲍林如何对自己进行攻击，如何不让她发表自己的反对文章，哈克深表同情。同时哈克也向林奇谈了自己对鲍林的看法，他觉得鲍林用共振来解释化学键的一切现象，有些随心所欲，不着边际。最终两人合作在1940年春天的《化学物理学杂志》上发表了一封短信，提出了一种不用共振理论来研究化学键的新方法。尽管信中只在脚注中提到了鲍林，但是显然对鲍林最基本的科学手段提出了挑战。

    鲍林以一个受到背叛的父亲的口气给哈克回了一封信。“我刚刚注意到你和多萝西·林奇又一次合作的那封信……我认为这表明你需要接受一些忠告。信中总的语气是对此间研究工作的批评。即便这一批评有一定的根据，学院对你的培育之恩也应该使你对自己的行为三思而行。”在作出一些具体的批评之后，鲍林最后说：“尽管粗心的读者可能会错误地认为你们的信是对科学认识的小小的贡献，我不觉得有必要作出答复以纠正这一认识的错误

    ……我认为你应该有更好的事干，有更好的搭档。”接着他写