政治也是影响院长和化学系系主任关系的一个因素。尽管杜布里奇在共和党家庭中长大，但他自认为是一个自由主义者。他竭力反对梅—约翰逊法案的早期版本，支持原子科学家联合会传播原子弹信息，公开反对各种政治迫害，通过这些实际行动，他表明了自己的政治立场。他像鲍林一样致力于和平事业，认为科学家可以为实现世界和平发挥作用。他在1947年就任加州理工学院院长时发表的就职演说中这样说道：“虽然科学家主要不是做政治家、社会学家、军队将领或宣传家的工作，”但是，“如同每个普通人一样，科学家和工程师担负著作为一个有用的社会成员的责任……他们应该对自己熟悉的每个问题发表意见，包括与其他公民携起手来共同致力于世界和平事业。”

    这些话鲍林听来非常顺耳。但是，杜布里奇具有高超的人际工作能力，其政治手腕也因此而比较圆滑。作为院长，他必须周旋于各类人物之间，包括保守的校董、自由派教授以及各级政府官员和科学顾问等。他在其间游刃有余。他变成战后那种所谓的知情科学家的典范，无论在教室、会议室、实验室，还是在政府的办公室，他都能应付自如。在他看来，必须有一些规则，即便不是明文规定的也好，来指导科学家的政治活动。在战后的那几年里，美国公众对原子弹的巨大魔力感到惊讶不已，对国家安全的一系列问题充满忧虑，对发展武器的各种技术细节也十分关心，他们希望科学家给予回答。一时间，科学家被认为是高智力的超人，他们的意见受到特别的青睐。

    杜布里奇认为，科学家还承担着一种他称之为“特别的责任”。他就任院长后不久在一封致全体教师的信中写道，学校不会对科学家作为公民发表个人意见的权利进行限制，这不是学校所管的事；但同时告诫他们应该努力做到准确和公平，并且要“注意分寸”。特别要注意不能把个人意见与学校立场混为一谈。如果一个教师能够遵守这些原则，那么，他写道，“学校将保护他在言论。教学和科研方面的自由权。”

    这里的关键词是“注意分寸”。在冷战发展到极端的情况下，广大科学家将“注意分寸”理解为“保持沉默”。到1949年，科学家像其他人一样，对任何可能被认为左倾的政治活动都尽量回避。尽管没有经过公开讨论和正式成文，大多数科学家都努力遵守以下几条规则：只在华盛顿咨询系统内开展政治活动；只占用极少的时间进行政治活动；只在自己的专业范围内发表评论；只发表和风细雨式的意见。只要遵循这些规则，那么科技界与政府、公众之间就能保持和睦，经费就会源源而来。

    按照杜布里奇的标准，鲍林是一个不讲分寸的人。杜布里奇显然也耳闻了这种情况。早在1946年，理工学院的重要校董、具有保守倾向的联合钢铁公司执行副主席泰勒就对鲍林表示不满。杜布里奇就任院长后刚一个月就收到了泰勒寄来的一份剪报，内容是由一批人签名的支持华莱士的广告。他在签名者中勾出了鲍林的名字并写上这样的意见：“一个私人捐助的学校里的著名学者公开参加支持一方的政治活动，在我看来是很不恰当的。”对此杜布里奇作了以下的答复：尽管我作为院长以任何方式直接参与政治活动是不恰当的，但“我不能剥夺任何教师以公民的私人身份参与政治的权利”。他随后向泰勒保证，“我本人完全不同意鲍林博士签名的声明内容。”

    鲍林在校外的社会活动越来越引人注目，一些校董，特别是泰勒、小胡佛①、麦考恩等人均对他的政治言论表示出强烈不满，并对这些言论可能给学校带来的后果深表忧虑。于是，有人议论要处分鲍林，甚至开除他。但是杜布里奇在校董会主席佩奇的支持下不主张匆忙采取行动。他们说，看来鲍林现在是有点越轨，但是可以再给他一点时间，看他能否转变。杜布里奇把他叫到办公