氢弹的出现似乎只是更加激励了鲍林。关于氢弹的巨大破坏力的公众讨论使人们对美苏之间疯狂的军备竞赛增添了新的忧虑，因而愿意倾听鲍林关于和平和国际合作的人又多了起来。1950年2月13日，鲍林在座无虚席的卡内基大厅里作了一次报告，呼吁与苏联进行谈判，建议国会向国家自然科学基金拨款几百万美元用于研究战争的起因和预防措施，这是他所作的最精彩的政治报告之一。“讨论原子战争问题时，不应被诸如共产主义与资本主义谁胜谁负的问题所迷惑”，他说，“原子战争将杀死每一个人，不管他是左派、右派还是中间派。”他用有力的声音告诫台下的几千名积极分子：“我们的世界已经最终来到了一个需要迅速作出决断的紧要关头，这一决断将关系到人类走向光辉的未来，还是走向死亡和文明的彻底毁灭。”报告结束，他注视着台下的听众，全场响起暴风雨般的掌声。终究，他并不孤立。

    1950年的整个春季，他不断地就军备竞赛、和平的必要性、氢弹及其给世界带来的后果等问题一场接着一场地作报告，在每次报告结束时，总要呼吁与苏联谈判，呼吁建立世界政府。

    鲍林的每次报告都有人监听，这些人包括反共报纸的记者，加州非美活动调查委员会（此时仍被称为特尼委员会，尽管特尼的主席职位已由另一个同样狂热的反共议员接替〕的情报人员以及联邦调查局的特工。是年2月，海军情报机构将一封匿名信——也许是鲍林的某个邻居所写——转到了联邦调查局，写信者说他亲眼看到“一台功率强大的无线电设备”装在鲍林家车库的一面墙上。“也许需要对这些教授进行一点秘密调查，”告密者这样建议。这封告密信又引起了联邦调查局对鲍林的兴趣。虽然后来查实所谓的！司谍装置不过是鲍林儿子的一台业余无线电设备，联邦调查局还是决定对鲍林重新进行审查。5月18日，鲍林在由帕萨迪纳无党派人士和平委员会组织的小型报告会上作了一次报告，右翼杂志《警惕》的一名记者马上给联邦调查局洛杉矶办事处写了一份备忘录，指控鲍林在讲话中“详尽介绍了原子弹的制造过程，随后还描述了氢弹是如何制造出来的”。这使胡佛对鲍林的讲话产生了极大的疑问。他指派一名特工人员到理工学院鲍林的办公室进行盘问，追查情报来源。鲍林实事求是地作了回答：他阅读了很多公开发表的文件和科学报告，然后自己推断出了一些结论。随后胡佛建议原子能委员会审查鲍林是否已经违反国家安全法。该委员会专家审查了鲍林的讲话记录，结果没有发现什么有价值的情报。他们告知胡佛，讲话中的技术估计非常粗略，够不上违反安全条例的行为。

    反共狂热症

    虽然联邦调查局没能抓住鲍林的把柄，但他们决定对鲍林的密友下手了。曾当过鲍林科研助手达15年之久的西德尼·怀恩巴姆是一个共产党员。鲍林在20年代后期聘用他进行晶体结构中涉及到的复杂的数学计算。他精于此道，以至后来获得了“精密的人工计算机”这一美誉。此外，他也是一个充满生活情趣的人。他弹得一手好钢琴，还两次获得洛杉矶地区国际象棋冠军。他在鲍林手下工作得很愉快，认真仔细地为鲍林的研究专着补充各种数学推导。鲍林对他很友好，以一种老板对待雇员的方式不时邀请他和夫人到家里参加聚会。然而按照怀恩巴姆的说法，他们从不谈政治。

    后来的事实说明他们当时没有谈论政治倒是一件幸事。怀恩巴姆的父亲是在俄国革命时期逃离俄国的犹太人，他本人在30年代成为一个左翼激进分子并参加了加州理工学院的“共产党俱乐部”，在那里经常与其他学生和青年教授谈论政治。1941年，他退出了这个组织。两年以后，他又离开鲍林的实验室到航空工业工作。战争结束后，他在加州理工学院的喷气动力实验室觅得一职。