1949年，怀恩巴姆的历史问题开始带来麻烦。从大战开始以来，他一直持有参与保密研究的许可证。现在由于发现他在青年时期与可疑组织有关系，他的机密工作许可证被吊销，喷气动力实验室也立即将他解雇。鲍林为了帮助他，就将他要回自己的实验室做一些非机密性工作，而同时理工学院将此案件上诉到军事复审机关。怀恩巴姆在作证时否认自己是共产党员，但联邦调查局掌握了确凿的证据。为了破获理工学院的间谍组织，他们要挟怀思巴姆提供同伙的名字。怀思巴姆拒绝这样做，于是他在1950年春季以伪证罪被逮捕。。

    这个案子在南加州引起了一阵小小的轰动。尽管最终未发现任何间谍活动的证据，但由于怀恩巴姆在绝密的喷气动力实验室工作过，因此他是南加州揭露出来的最接近于共产党间谍的人物。他的案子几乎每天都出现在当地报纸的新闻标题中。

    在取保候审期间，怀恩巴姆向鲍林求助。鲍林记得怀恩巴姆当时因为没有钱供养妻子女儿而“忧心如焚”。他告诉鲍林，他的妻子莱娜（鲍林夫妇了解她是一个易于激动的女人）快要急疯了。鲍林答应为他筹集聘请律师的费用，并立即与其他教师一起筹措一项法律诉讼基金。

    在理工学院校董会内那些极端保守的董事们眼里，怀恩巴姆与鲍林的联系是说明鲍林是共产党员的有力证据。他们找到了杜布里奇，坚持要他对鲍林采取必要措施，以免报上的不利舆论进一步损害学校的名声。“当时学校里的情况是一些人对共产党的憎恨达到了几乎狂热的程度，”曾经当过校董的贝克曼这样回忆说，“莱纳斯的行为使他们感到非常不满，特别当莱纳斯的亲密朋友怀恩巴姆被指控并确认为共产党员后，这种不满情绪更加高涨。很多人认为莱纳斯是共产党员。而莱纳斯是一个具有独立品格的人，他根本不做任何事情去平息他们的不满情绪。”佩奇和杜布里奇继续劝校董们保持耐心和平和，等待进一步的证据。杜布里奇向校董会保证，如果事实证明理工学院的某个教师是共产党员，他就立即将他开除。他说，共产党员必须受到纪律制裁，因为他们不可能将真理教给学生。然而现在尚无证据证明鲍林是共产党员。这件事使校董会分裂成两派，一派主张马上开除鲍林，另一派主张再等一等。贝克曼回忆说，“就我所知，这是校董会内意见对立最为尖锐的一个问题。”

    不管出现哪种情况，对杜布里奇都是一个灾难。一方面，鲍林的最新研究成果，特别是他对镰状血红蛋白的研究成果以及他关于分子病理学的整体构想，使他在科学界的地位达到了新的高峰，连带着也提高了加州理工学院的地位。开除一个资历浅的教师是一回事，而出于政治原因开除一个像鲍林这样有着崇高学术地位的科学家完全是另一回事，这在美国尚无先例；如果这样做，势必会在国际科学界激起强烈批评的浪潮。然而另一方面，如果一点措施也不采取，那么就会激怒一些地位显赫的校董，并造成杜布里奇对付共产党软弱无能的印象。他以等待怀恩巴姆案件的审讯结果以便获取鲍林是共产党的确切证据为由拖延时间，并尽力平息校董们的不满情绪。审讯持续了整个春季，结果没有发现鲍林是共产党员的任何证据。

    随后于1950年6月25日，共产党北朝鲜向南方推进，怀恩巴姆案件就此退出了报纸头版。两天之后，杜鲁门宣布美国将派遣军队击退共产党的进攻，由此引发了新一轮的反共浪潮，冷战也变成了热战。这可不是对叛徒嫌疑分子讲究温情的时候。

    就在杜鲁门出兵朝鲜后两天，理工学院校董会秘密决定成立一个委员会以“调查鲍林博士在学校的工作是否有损于学校以及是否需要终止对他的聘用，并向校董会提出相应报告”。杜布里奇担心，由于这个委员会全部由企业界人士组成，会被人认为具有片面性，因此又成