除东晋末年的刘牢之、何无忌以外，都是门阀士族人物，包括琅邪王氏（舒、荟）、高平郗氏（愔）、太原王氏（蕴）、陈郡谢氏（琰）、会稽孔氏（季恭）以及东晋皇族（休之）。其中除孔季恭外，都是侨姓士族。按居其职者的门望说来，与居扬州、荆州、徐州的人物相当。

    东晋末年孙恩、卢循义军在会稽郡境活动时期，此职先由徐州刺史谢谈，后由北府主将刘牢之兼充。北府主将成分变化，由门阀士族出任变为次等士族的武将出任，会稽都督亦然。所以何无忌得援例为会稽都督。北府主将兼任会稽都督以后，东方诸郡逐渐不直接由朝廷而由北府就近控制，会稽都督的权事亦随之转轻。卢循退出会稽五郡地界以迄于刘宋建国的这段时间里，会稽的军事价值下降，其中当刘裕或其宗族居职京口之时，情况更是如此。《宋书》卷三《武帝纪》（下）永初二年（421年）正月，“罢会稽郡府”，吴廷燮认为即是罢置都督会稽军事一职，甚是。

    会稽都督最后任职者为南士孔季恭，亦有缘由。据《晋书》卷八五《何无忌传》及《宋书》卷五四《孔季恭传》，刘裕击卢循时，何无忌曾于元兴三年（403年）说刘裕于会稽山阴起兵，以讨伐建康的桓玄。刘裕谋于山阴土豪孔季恭（名靖，以字行，孔愉之孙），孔季恭劝刘裕待桓玄正式篡位时举义。《金楼子》卷六《杂记》：“孔静（即靖）居山阴，宋武微时以静东豪，故往候之。静时昼寝，梦人语曰：‘天子在门’。觉寤即遣人出看，而帝亦适至。静虚已接对，仍留帝宿。……贼平，京都以帝为奋威将军、会稽内史”云云。案此事《太平御览》卷一二八引《述异记》略同，唯多出孔静延入刘裕，“结交赠遗，临别执帝手曰：‘卿后必当大贵，愿以身嗣为托。’帝许之”诸语。由此可见刘裕与孔季恭定交甚早，孔助刘裕平定建康，功劳颇大。《南史》卷二七《孔靖传》，谓刘裕本欲于山阴起事，孔靖以路远止之。刘裕曾率军屡次出入山阴，得孔季恭赡给甚厚。以后，刘裕出于酬答旧谊，乃以孔季恭居会稽都督之职。不过到了这时，会稽都督已没有什么实际作用了。

    会稽五郡，在当时人看来确实自成一个区域，不但军事上如此。《世说新语·仇隙》：王羲之与王述情好不协，“彼此嫌隙大构。后兰田（述）临扬州，右军（羲之）尚在郡（会稽），初得消息，遣一参军诣朝廷，求分会稽为越州。”王羲之不愿屈居上述之下，乃作此请，说明会稽等郡有可分之势。此议在东晋虽未成为事实。但宋孝建元年（454年）割会稽五郡为东扬州，实际上实现了王羲之先前之议。

    （三）建康、会稽间的交通线

    会稽、建康之间，必须维持便当的交通，才能适应会稽地位的需要。由会稽至建康，通常是西行过钱塘，北上吴郡，西北经晋陵（今常州）、曲阿（今丹阳）至京口，然后溯长江西上而达。京口是这条交通线的枢纽。

    回顾历史，当年孙权在江东数迁治所，就是沿着这条交通线移动的。孙氏起自富春，地属吴郡而东邻会稽。孙氏自淮上回江东后，本以吴为治所。其时孙权主要是对山越用兵，无暇外顾，设治于吴，是比较安全便当的。随着形势的发展，孙吴势力扩及长江中游，僻处湖海之间的吴地，就不再符合需要。为了便于与黄祖作战，孙权于建安十三年（208年）迁治所于京口（当时称京城）。赤壁之战时，孙权就在这里屯驻。建安十六年，孙权由京口溯流西上，徒治于秣陵，并改秣陵为建业。《三国志·吴志·张纮传》注引《献帝春秋》载孙权曰：“秣陵有小江百余里，可以安大船。吾方理水军，当移据之。”小江指秦淮水。为了保卫建业，孙权在建业城西秦淮水入江处修筑石头城；又于巢湖以南修濡须坞，以防来自上游的侵逼。《义门读书记》卷二八曰：“城石头以备陆，作濡须以备水，然后建康势壮