少数部队接到撤退令，一时撤退秩序大乱。

    日军攻占南京后，烧、杀、奸、淫，无恶不作，以松井石根为首的日本侵略军，对包括妇女、儿童、老人在内的中国平民和被俘的中国军人进行了惨绝人寰的大屠杀，惨遭杀害的人数达到30多万，国际舆论称日军已完完全全堕落为一群野兽，是人类中的“兽性集团”。

    日本侵略军占领南京后，为使中国政府屈服，决定进一步深入中国腹地，攻取华中军事重镇武汉。为消除华北、华中西进日军的侧翼之威胁，日军大本营决定抽调华北、华中的部分兵力，分南北两路沿津浦铁路夹击徐州地区的李宗仁第5战区部队，肃清侧翼之威胁。中国军队利用日军轻敌冒进和内线作战的便利，用部分兵力将南面的华中之敌阻击在淮河之线，然后调整部署，准备诱歼北面孤军深入之敌。1938年3月下旬起，中日两军在徐州东北60公里处的大运河北岸台儿庄展开血战，孙连仲第2集团军所属的池城峰第31师死守不退达10多天。到4月上旬，冒险突进的日军叽谷廉介第10师团主力濑谷旅团和板垣征四郎第5师团主力坂本旅团被中国第5战区部队包围在台儿庄，经激战，残部突围而去。日军在台儿庄一役前后共被歼灭2万多人，中国军队获得抗战以来第一次大胜。

    日军被台儿庄的失败所震惊，日军大本营利用中国方面为胜利所鼓舞，将大批新锐部队调入徐州地区以求决战的心理，决定围歼徐州周围的中国军队。日军迅速截断陇海线，从西面切断李宗仁第5战区部队的退路，用13个师团将中国60万大军包围起来。日本统帅部根据以往经验，判定中国军队会死守徐州战略要地，令各路日军不顾一切向徐州汇集。中国统帅部这次吸取以往教训，主动放弃徐州，利用日军包围网的空疏，几十万大军纷纷与日军擦肩而过，向西南方向突出重围，损失殊少。徐州会战持续了5个月，日军除了在台儿庄吃一败仗，最后得一空城，歼灭中国军队主力的计划完全落空。第5战区几十万军队成功突围，如此规模又如此出色的突围战，为第二次世界大战中欧、亚各战场所仅见。

    1938年2月初，为策应徐州会战，日军土肥原贤二第14师团开始向河南进攻。在不到一个月时间内，击溃宋哲元第1集团军，进抵黄河北岸。5月13日，第14师团渡过黄河，继续攻击南下。5月21日，程潜指挥的第1战区部队15万人将土肥原贤二师团2万人包围在内黄、仪封地区，经过10天激战，中国军队无法达成围歼之目的。蒋介石无可奈何地称：“15万人围攻2万人，竟让后者扬长而去，在战史上亦为一千古笑柄。”由此可见中国军事当局受传统“人海战术”影响之深，殊不知在其他条件相同的情况下，武器的优势可远远抵消人数的优势（这种情况后来也发生在朝鲜战争中，中国军队以一个军包围美军一个团，经过代价惨重的强攻后，竟不能全歼，让其突围而遁）。6月6日，日军攻占开封，并继续进逼郑州。6月9日，中国军队炸开花园口黄河大堤，泛滥的洪水暂时遏制了日军西进的势头。自行决堤造成了一片黄泛区，殃及豫、皖、苏三省四十四县，中国民众付出了沉重代价。从另一方面看，就和当年俄国在拿破仑入侵时，自行焚毁莫斯科以示抵抗一样，黄河决堤显示了中国抗战到底的坚强决心。

    1938年6月上旬，入侵华北、华东的日军频频得手后，便按计划沿长江两岸会攻由第5战区和第9战区的中国军队拱卫的武汉。中国军队的目的不在于死守武汉，而是利用武汉外围有利地形尽可能地消耗日军，争取4个月的时间，造成有利的战略相持态势，达到长期抗战的目标。日军目的是要给中国军队以尽可能沉重的打击，从而挫败中国军队的战斗意志。武汉会战历时5个月，作战区域遍及赣、皖、豫、鄂四省，会战以10月21日日军在广州