就在对张士诚的战争进行得顺利之时，朱元璋顺手消灭了自己身边的一个累赘：小明王韩林儿。

    朱元璋渡江后，全靠北面奉韩林儿为主的红巾军抵抗元军，才能从容在南方发展。朱元璋也一再利用韩林儿的名义，来支持自己政权的合法性。

    占领浙东后，朱元璋树起的“山河奄有中华地，日月重开大宋天”的大旗，实际上就是韩林儿部的“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”的旗号。这样，朱元璋既可以利用小明王的旗号和复宋的目标来号令军士，争取群众，又可以缩小自己的目标，避免树大招风。

    大宋农民军在北方被打败后，小明王落脚在安丰，受到张士诚部的攻击，向朱元璋求援。朱元璋看出小明王还有利用价值，准备救援，但是部下却纷纷表示反对，大家都说：“假使救出来，当发付何处？”意思是说，就算救出了小明王，如何安置也是个问题。放到应天吧，就得听从他的约束，岂不非常被动；如果不放到应天，又放到哪好呢？但是在朱元璋看来，这并不是一个难题，他力排众议派兵往救，然后“设鸾驾伞扇迎驻滁州，创造宫殿居之，易其左右宦，侍奉之甚厚”（俞本《记事录》）。也就是说，途经滁州，朱元璋命造宫殿，把小明王留在那里，厚加供养，但将他左右的宦侍全部换上自己的心腹，严加监视。阳为尊崇，实际上韩林儿已成了朱元璋的阶下囚了。这样，朱元璋就把小明王完全控制在自己的手里，可以挟天子以令诸侯，在天下红巾军诸部中取得了独一无二的地位。

    在那之后，小明王就成了朱元璋手里的工具，他高兴的时候，就可以拿来随便用用。比如龙凤九年（公元1363年）三月，在与陈友谅展开决战前，朱元璋命小明王封赠自己的三代，先讨讨彩头：曾祖父朱九四为资德大夫、吴国公。祖父朱初一为光禄大夫、吴国公；父朱五四为开府仪同三司、上柱国、录军国重事、中书右丞相、太尉、吴国公。鄱阳湖战役胜利后，朱元璋决定先称王，为以后登基作准备，他仍然以小明王的名义对自己做出正式封赠。

    直到元顺帝至正二十六年（公元1366年），平定张士诚进展非常顺利，天下已非朱元璋莫属了，韩林儿才没有任何继续存在的价值了。朱元璋派大将廖永忠用船到北方去接韩林儿，说要迎他来坐天下。韩林儿辞别闲居三年的滁州，兴冲冲向应天进发。虽是空头皇帝，妃嫔宫女、太监护卫，毕竟一应俱全。到了江心，韩林儿乘坐的大船便进了水，在皇帝和妃嫔的一片惊呼哀号声中渐渐沉没。

    “惨剧”发生后，朱元璋“勃然大怒”，立刻命人把廖永忠抓起来，说他办事不够谨慎，以致出此“交通事故”，要重治其罪。无奈众人纷纷说情，朱元璋才“勉强”免了他的死罪，命廖永忠仍回苏州前线，“戴罪”立功。随后，朱元璋下令举行国丧，在应天城内遍挂孝幛，停止娱乐活动一个月，又命在长江边设小明王灵位，亲率文武百官到江边哭祭，声势弄得十分浩大。

    不过，从此之后，朱元璋再也不提自己曾经是韩林儿的臣下，连当年立的一些石碑，也因为曾经用了韩林儿的年号，一律捶毁，文字史料，更是消灭得一干二净。

    消灭韩林儿后，朱元璋对白莲教的态度也发生了一百八十度大转弯。

    朱元璋部本是白莲教大起义的一个组成部分。在起义之初，他也充分利用白莲教教义来发动群众。但是，随着自己独立发展，朱元璋越来越淡化自己这支队伍的宗教气氛。因为他知道，宗教狂热只可用于一时，难于持久。

    龙凤十二年（公元1366年）五月讨伐张士诚檄文的发布，是朱元璋政治生涯中的一个重大事件。在讨伐张士诚的檄文中，朱元璋借声讨张士诚之机，宣布白莲教是妖术，指斥信教者“误中妖术，不解偈言之鼻诞，酷信弥勒