者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或被野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：人生千里与万里，黯然魂销别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，辞赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排觚。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千山断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！七月龙沙雪花起，橐驼腰垂马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张譬为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎勿喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。

    吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓意极深——可以说，吴伟业已经看清了清廷大兴科场案的真正用意。

    按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸了。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂则于次年夏始抵宁古塔）均受到牵连，一同被流放。

    吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑：边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。

    敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。

    云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。

    姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。

    清兵入关后，对它的“龙兴之地”辽东地区（今东北）实行了特殊的保护政策——“封禁”，即以山海关为限，严禁关内人出关进入辽东。这种“封禁”政策大约持续了二百年左右。但自清廷定鼎于北京后，大部分丁壮人口都跟随八旗官兵移驻京师，造成了关外地区人烟稀少，土地大量荒芜，因而被流配到关外的人生活都十分艰苦。一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之地宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。

    刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到难友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。

    就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。一路上清兵不堪一击，望风瓦解。在内地反清志士的引导和帮助下，郑成功军很快攻破瓜州，并攻克了长江的重要门户镇江及其所属诸县。六月二十六日，郑成功部前锋已至南京。七月十二日，郑成功亲自率领十余万大军，连营八十三处，将南京团团围困。

    消息传到北京，顺治皇帝吓得六神无主，打算退位逃回关外，外厉内荏的本性暴露无遗。被母亲孝庄太后