轻易放过自己，但至多也不过是流配新疆而已。昔日和珅罪大恶极，最后也只是被赐自尽，自己仅失察之罪，不过褫职而止。留得青山在，不怕没柴烧吧。柏葰一边这般安慰自己，一边吩咐家人收拾好远行的行李。

    咸丰九年（1859）二月十三日，怡亲王载垣、郑亲王端华、兵部尚书全庆和陈孚恩四大臣联衔上奏，将案情作了详细汇报，奏疏上对柏葰的处置是“比照交通嘱托，贿买关节例，拟斩立决”。

    当日，咸丰皇帝在勤政殿召见诸亲王、军机大臣、内务府大臣和各部尚书，商议如何处置柏葰。柏葰在朝为官三十余年，老成宿望，资历很深，咸丰皇帝有意询问群臣说：“柏葰有无屈抑？”其实是感念柏葰“早正揆席，勤慎无咎”，且已经老迈，打算从轻发落，只要有大臣站出来“乞恩”求情，皇帝便可顺水推舟。但肃顺果断敢为，“治事严刻”，好用重典，之前曾力主杀死和谈不成的宗室耆英。群臣畏惧肃顺一党的势力，竟然无人敢回答皇帝的话。而肃顺本人又及时站出来，大讲了一通“取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习”的道理，要求立即将柏葰正法。咸丰皇帝便不再坚持，准肃顺所请，同意将柏葰“斩立决”。

    可怜柏葰素有宽厚谨慎之名，以为至多不过是流放的结果，却等来了斩首的命令。清朝自立国以来二百余年，从无公开处斩宰相之例。此举如同晴天霹雳，不但令柏葰本人震惊，也令朝野侧目。

    午后三时，柏葰被押赴北京南城的菜市口行刑，由户部尚书肃顺和刑部尚书赵光监斩。肃顺看到柏葰的囚车到来后，喜笑颜开地迎上前去，说：“七哥来早。”（《清稗类钞》）然后立即升座，催促用刑。柏葰被立即斩首，同考官浦安、兵部侍郎李鹤龄、新中试刑部主事罗鸿禩也被同时斩决。擅改朱卷的同考官邹石麟被革职，永不叙用。副主考户部尚书朱凤标则被革职，未及一年，旋复起用。

    当时，柏葰朝中同僚、门生、故吏不但不敢为其求情，甚至没有一人到刑场奠别。刑部尚书赵光还庆幸地说：“此次科场之案，未令刑部会审，予幸以为幸焉。”可见朝野对肃顺一党畏惧到何等地步。只有时在江南镇压捻军的钦差大臣胜保自军中上疏，为柏葰求情，其中有“罗网弥天，衣冠扫地”之语，暗指柏葰为肃顺所陷害。肃顺与胜保遂成死敌。但胜保远在前线，且统领重兵，肃顺也无法轻易加害。后来肃顺一党与慈禧太后争权，胜保迫不及待地倒向慈禧太后一边，在铲除肃顺一党中起到了极为关键的作用。

    柏葰不仅是终清一朝唯一一名因科场案被处死的一品大学士，也是中国自实行科举以来，因科场舞弊而被处死的职位级别最高的官员。

    柏葰等四人被杀，戊午科场案并未就此终结，案情还在进一步发展中。之前，同考官浦安曾经供称他听说副主考程庭桂收过很多请托者递送的条子，并在后来烧毁了这些条子。程庭桂由此被逮捕审讯。程庭桂供认乡试开始后，他的儿子程炳采接到过几个人的条子，因为这些条子的来头都不小，程炳采无法拒绝，于是收了下来，并让家人胡升给程庭桂送食物时，将条子黏在食物盂下，带进了贡院。递条子的人，包括李旦华（刑部侍郎李清凤之子）、潘祖同（工部郎中潘曾莹之子）、潘敦俨（湖南布政使潘铎之子）等人，分别为工部候补郎中谢森墀、恩贡生王景麟、附贡生熊元培等人请托。不过谢森墀、王景麟、熊元培等人都未能中试，因而程庭桂在事后将条子烧毁。

    程炳采被逮捕后，除了承认其父程庭桂供称的递条子的人外，又招出一个重要情节，他还接到过兵部尚书陈孚恩之子陈景彦送的条子。但程庭桂却根本不知道有这个条子。原来家人胡升在送陈景彦的条子入考场时，被监场御史发现。监场御史见事涉兵部尚书陈孚恩，于是将条子藏了起来。