隆阿为钦差大臣，西进攻打回民武装起义，相继攻陷了回民的后方基地羌白旗、王阁村等地，并以“护汉”为借口，大肆屠杀回民，史家河一带六十里之内尽成白地，渺无人烟。任武遭受巨创后，率部退往甘肃一带。此后，甘肃、宁夏、青海广大地区的回民也纷纷起义，逐渐形成了四支主要的军事力量：以马占鳌为首的起义军活动于甘肃南部；以马化龙为首的起义军活动于宁夏南部；以马文义为首的起义军活动于青海东部；以马文禄为首的起义军活动于甘肃西部。这其中，以马化龙部的力量最强，马化龙也因此成为整个西北回民起义军的一杆大旗。西北局势如此动荡，清廷深感不安。同治七年（1868），清朝廷派左宗棠以钦差大臣的身份西征。左宗棠经过周密计划后，没有直接进攻甘肃回民军，而是先将矛头对准了在陕甘交界处活动的董福祥部。董福祥部在重兵围困下被击溃，董福祥本人突围而出，但其父董世有和弟弟董福禄被清军招降。左宗棠又通过董世有招降了董福祥。从此，董部成为清廷对抗回民军的急先锋。清军的下一个目标是回民军中势力最大的马化龙。马化龙见清军势大，多次请求投降，并改名为马朝清。同治八年（1869）八月，清提督刘松山率老湘军到马五寨受降，被回军中反对投降者开枪打死。回军乘势反攻，清军大败。左宗棠认为马化龙“阳虽就抚，阴实助逆”，主张“痛剿以服其心”，此后加强了对马化龙部的进攻，由刘松山之侄刘锦棠继统老湘军力攻马化龙基地中心金积堡。同治九年（1870）底，马化龙再次投降。左宗棠阴谋“先抚后剿”，命令马化龙召各地回军至金积堡就抚。结果各地回军被骗到金积堡后，左宗棠大开杀戒，一人不留，马化龙也被处死。不久，左宗棠在太子寺击败甘肃南部回民军，并打败了青海回民军马文义部，占领西宁。同治十二年（1873），甘肃西部回民首领马文禄战败，向清军投降后被杀，清军占领肃州。至此，坚持十二年之久的西北回民起义全部失败。此供一出，匪夷所思，惊世骇俗。审讯官员惊愕相视，难以相信。录供者也停下了笔，不敢记录。江宁将军魁玉知道了后，不断摇头，连称“荒唐”。他亲自审问张文祥，张文祥只说：“我为天下除了一个通回匪的叛逆，有什么不好？”

    被追问得急了，张文祥干脆说：“将军是主使人。”魁玉问道：“将军是谁？”张文祥大笑：“就是江宁将军你呀。”魁玉因此十分难堪。

    后来时金彪被官府逮捕，带来江宁与张文祥对质。时金彪竭力否认张文祥的供词说：“张文祥诬我说过马大人勾通回匪的话，我伺候马大人多年，他家虽是回教，总没见他与回教人来往。现在官至一品，更不敢遵奉回教，我如何敢昧良心说马大人通回匪，实在是他诬报我的。”

    面对时金彪的对质，张文祥也改了口供：“小的所供时金彪曾向小的告说马大人勾通回匪的话，是小的前因救过时金彪性命，将他报出帮同作证，好污蔑马大人的。现与时金彪对质，小的也不敢狡执了。”

    张文祥说马新贻通“回匪”，是有意为之，将马新贻绕到勾结回民谋反的大罪里，主审官员有所顾忌，便不敢再多追问。但这供词实在太过荒诞，明显是无稽之谈。不过，张之万、魁玉为了维护马新贻的清誉，刻意隐瞒，没有奏报朝廷。尤其是张之万、魁玉提审时金彪时，只有布政使和按察使参加，且连审两次均未录供。这就难免有欲盖弥彰的嫌疑，是以物议纷歧，讹言蜂起。

    传闻说，马新贻是回人，信伊斯兰教，其父是山东菏泽回人的首领，与甘肃回王一直保持着紧密的联系。马新贻与太平军、捻军作战时，军火多来自回民的资助，所以才屡立战功，一路升迁。马新贻对回王感恩，一直想要有所回报。马新贻的亲兵徐义本是太平军侍王李世贤部下，与张文祥是旧识。有一天，张文祥在杭州偶然