纨，苏州人，在嘉靖帝登基的当年（1522年）中了进士，此时被赋予两省抗倭之职，旨在“通摄”各处，以对付“出没无常”的海寇，且他握有“王命旗牌”，具有因地制宜的行事大权，文官五品以下，武官四品以下，可以自裁军法从事。自此到1566年近20年间，海盗商人遭遇了灭顶之灾。

    换句话说，在1548年朱纨平定舟山双屿港以前的26年间，是舟山海域基本无寇乱的时期。但这时的双屿被抗倭派称做“根抵窟穴”，“倭寇”其实基本上都是中国武装走私商人。

    在朱纨看来，抗倭至少可以剿除通倭的内鬼。当朱纨暗中调兵遣将之时，在双屿岛上的海盗商人们尚不知覆巢之危将至。

    因为海盗拥有武装力量，双方在九山洋发生激战，许栋被擒杀，自此，中国武装走私商人及葡萄牙人在双屿的据点被拔掉。朱纨下令，以木石筑填通往双屿港的南北各水口，使所有船只无法进入内港，中外私商苦心经营多年的双屿遂成废墟。

    之后，经过大小数十战，这些私商被赶出浙江海域，部分残余逃往福建浯屿，没有死心的葡萄牙人纠集大量中国海盗南下福建，进犯漳州、月港、招安、走马溪，浙江最早的军事长官卢镗与巡海副使林乔，率领明朝官军迎击葡萄牙人的进犯。

    在走马溪之役中，明军生擒葡萄牙人16名，并便宜行事将96名明朝海盗就地问斩，拔除了倭寇在福建的侵略据点。朱纨在报捷奏折中写下了“全闽海防，千里肃清”八字，宣告福建抗倭斗争取得胜利，但在此时的北京政坛，主张通番与反对通番却上升为一场政治斗争。

    1547年，伴随抗倭还发生了一件事情。日本以周良为代表的使团提前近一年来华朝贡，并且所来人数和贡船数量都超过了限制，即便据理力争，但仍被阻隔在舟山群岛停泊了10个月之久，直至次年春天贡期到后，才准入贡。在处置日本贡使问题上，朱纨与专门掌宾礼及接待外宾事务的主客司、福建籍的林懋和发生了矛盾，招致闽人官僚仇恨。

    1548年，根据福建籍御史周亮及负责监察六部诸司、弹劾百官的给事中叶镗之言，吏部上奏将朱纨由巡抚改为巡视，以弱其权。1549年年初，福建籍另一名御史陈九德上奏朝廷，弹劾朱纨擅杀，专门针对其未经朝廷批准便杀死96名涉嫌走私的福建百姓事件。对于其擅杀，朝中众多官僚，尤其是闽浙籍官员极为不满。兵部侍郎詹荣、兵部尚书翁万建等人因此相继上奏弹劾朱纨。

    对于众人指责，朱纨先后上章辩解，“臣看得闽中衣食父母尽在此中，一时奸宄切齿，稍迟必贻后悔”，“浙闽大姓素为倭内主者，因失利而怨声四起”。尤为要害的，朱纨公开上奏他所说的通倭的官宦之家，并在《甓余杂集》中点名批评林希元等地方官绅，“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其赀本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分”。

    市舶司废除之后，对于海盗的管理、缉拿之松紧，全在地方官绅的把握，当地官僚睁一只眼闭一只眼，也都是事实。当地绅商望族，交结官僚，向海商借本或者转用船只，利益共享，这种情况也并非无中生有。

    林希元比朱纨年长11岁。早在嘉靖二十年（1542年），林希元就被黜归家，此时他是一个闲人。1530年，林希元升任南京大理寺丞，次年辽东兵变，他上书说“兵变起于姑息政策”，与权臣夏言意见相左，被贬为钦州知州，之后他仍屡次上书，对主抚派大加抨击，直到被夏言罢官，返乡精研理学。1558年倭寇进犯同安时，78岁高龄的他，仍上书提出抗倭保境之策。

    对于朱纨的批评，林希元在《与翁见愚别驾书》中说：“佛郎机之来，皆以其地胡椒，