党性教育使甄小英获得了声誉，但是她感到，重视思想建设是中国共产党的一个特点和优点，思想教育固然很重要，但是，教育不是万能的。建设一个充满生机活力而又稳定有序的现代化的马克思主义政党，还必须建立一整套科学的制度，从体制机制上保证党的先进性。于是，甄小英在研究党的思想建设的同时，也非常重视对党的制度建设的研究。邓小平1980年8月18日在中共中央政治局扩大会议上关于《党和国家领导制度的改革》重要讲话发表后，她就开始了党的制度建设的研究。她比较系统地研究了党的制度建设的历史和现状，经验与教训，主持编印了20多万字的《中国共产党法规文件选编》，研究收集了国外一些政党的制度、法规，在全国党校率先开设了党的制度建设课题。

    1988年，她讲的《十一届三中全会以来党的制度建设的理论和实践》和参加编写的《党的制度建设新路》，引起了学员和社会的关注。

    甄小英认为，中国共产党一成立，就开始进行制度建设，也制定了不少的制度，但三中全会以前却始终没有形成完整的制度建设理论，在实践上，也始终没有形成一个比较完整的、相互配套的党内制度体系。十一届三中全会以来，党中央拔乱反正，在总结历史经验的基础上，首先抓了党的根本制度的建设。比如十一届六中全会通过《关于党内政治生活的若干准则》，总结了“文化大革命”的教训，并加强了新的制度建设，使党建从理论和实践上都进入了一个崭新的历史阶段。

    在她看来，十一届三中全会及六中全会开创了新时期党建工作的良好开端，但是，还必须根据新形势、新任务的要求，不断把党的建设的理论和实践推向前进。于是，她大胆地提出党建工作的一些新的想法。

    她提出要理顺党政关系，主张党政分开并形成制度；认为健全党的集体领导制度和民主制必须从中央做起。建议实行中央政治局常委向中央政治局、中央政治局向中央委员会定期报告工作的制度，使中央委员会更好地发挥集体决策作用。她还建议建立中央政治局、政治局常委、中央书记处的工作规则和生活会制度，使集体领导制度化等等。另外，她在干部管理制度改革、完善党内选举制度、保障党员民主权利方面也提出了建议。

    1987年，她在《理论动态》上发表了《努力增强党员民主意识》一文，提出“健全党的民主集中制，发展党内民主，已经成为一个很迫切的问题。解决这个问题的关键是要改革政治体制，主要是改革党的领导制度。只有建立和完善了符合民主集中制原则的体制，才能有效地保证和发扬党内民主”。

    1989年，她又在《党建文汇》上发表一篇名为《对党的领导人的监督设想》的文章，立意是总结“文革”教训，完善体制机制，从制度上防止“文革”重演，引发众多读者对这一问题的热烈讨论。

    她从前苏联的教训中证明了“不受监督和制约的权力是一种危险的权力”的观点。她说，资本主义国家实行多党制，通过反对党对执政党进行监督，或采用多党联合执政形式，联合执政的各党派之间也进行相互监督。我国的国情与西方不同，我们不能照搬他国多党制的形式。但健全党内的监督制度，完善对党的领导人的监督和制约，对于实现党的最高领导层决策的民主化和科学化，保持党的公正廉洁，具有重要意义。

    她提出要研究列宁设想和曾要求实施的监督体制，即由党的全国代表大会选举出中央委员会及与之平行的中央监察委员会。中央监察委员会可对中央委员会及政治局成员进行监督。以上两个委员会发生意见分歧时，召开两个委员会的联席会议加以解决，或由党的全国代表大会进行裁决。她认为对党的领导人监督的主要内容应该包括政治、经济及道德作风三个方面，并提出“