张卓元1933年7月出生于广东省梅县。还是在高中时代，他偶然读到苏联经济学家列昂节夫的《政治经济学》一书，尽管书中对资本主义经济的分析非常抽象而深奥，却让他十分入迷。

    1950年张卓元高中毕业，报考了清华大学社会学系和中山大学经济学系，哪知两个大学同时录取了他。这让他非常矛盾。当时他想读清华大学，但又想学经济学。最后出于对经济学的痴迷，他还是选择了中山大学。

    在中山大学学习了近3年后，恰逢1953年的全国高校院系大调整，张卓元被调整到了中南财经学院经济系理论班。毕业前他已在《中南财经学院学报》上发表万余字的经济学处女作《关于社会主义制度下的价值规律的作用》。

    1954年秋，张卓元大学毕业后，被分配到中国科学院经济研究所政治经济学组工作。

    经济研究所的前身是解放前的中央研究院社会研究所，中国社会科学院成立后，成为社科院的一个研究部门，也是我国历来最高的经济学研究机构。

    张卓元到经济研究所不久，就参加了《经济研究》杂志的创刊工作，从编辑一直干到编辑部主任，成为杂志社的骨干力量。

    1957年，孙冶方任经济研究所的代所长，张卓元一边在《经济研究》杂志从事编辑工作，一边充当孙冶方的得力助手，从事经济研究，就社会主义商品、价值、价格、经济核算等问题，发表了一系列具有独到见解的学术论文。

    孙冶方是我们经济学界的先驱，长张卓元25岁，当年他与陈翰笙、钱俊瑞、薛暮桥等人发起成立“中国农村经济研究会”时，张卓元刚刚出生。因此张卓元对孙冶方就像对父辈一样尊敬。新中国成立后，孙冶方先后担任过上海军管会重工业处处长、华东军政委员会工业部副部长、国家统计局副局长，对中国经济有着清醒的认识和独特的思考。

    早年留学苏联的孙冶方不仅学术功底深厚，思想也比较开放，因此他来到经济所之后，给沉闷的学术研究带来了清新的空气。他鼓励张卓元等青年研究人员一定要从中国的实际出发，实事求是，以科学的态度，大胆创新，为国家的经济振兴寻找良策。

    然而孙冶方实事求是的科学研究态度却给自己带来了麻烦。1956年社会主义改造全面完成之后，面对公有制已经占主体地位的格局，需要回答商品生产和价值规律在中国的作用问题。孙冶方发表了著名的论文《把计划和统计建立在价值规律的基础上》，指出价值规律的作用在资本主义、社会主义和未来的共产主义都是存在的，社会主义的计划必须自觉地遵循价值规律；第二年孙冶方发表《从“总产值”谈起》，指出利润是企业经营好坏的最集中的表现。

    1959年，孙冶方在巨大的压力下组织经济研究所写作《社会主义经济论》，点名张卓元作为他的主要学术助手。这是张卓元和孙冶方第一次紧密合作，从而使张卓元真正成了孙冶方的忠实追随者，而孙冶方也笑称张卓元是他的“关门弟子”。

    1963年9月，孙冶方的《社会主义计划经济管理体制中的利润指标》的研究报告，成为哲学社会科学部委员会第四次扩大会议上争论的焦点。由于孙冶方竭力反对不计成本、不讲效益的企业管理制度，遭到康生、陈伯达组织的批判和围攻。他的观点被说成是修正主义的经济观点。“四清”时，工作组进驻经济所，揪出了孙冶方、张闻天“反党联盟问题”，孙冶方被打成该所“反党联盟”的头目，被免去职务，下放到农村。

    由于张卓元多年来跟随孙冶方从事研究工作，他的经济理论观点受到孙冶方很大的影响。这一时期他撰写的文章中，相当一部分是对孙冶方经济理论的阐述和评述。他在1962年《江汉学报》第8期上撰文论述了价格在组织