1990年，张卓元在《改革》杂志上发表了一篇题为《有计划商品经济与市场取向改革》的文章，提出了中国经济改革要以市场为取向。这篇文章代表了他一贯的经济思路。因此学术界都视他为“市场取向改革派”的代表。

    张卓元似乎很乐意接受这样的评价。在他看来，发展商品经济就是发展市场经济。自1979年以来，他一贯主张大力发展商品经济，坚持稳定推进市场取向政策，以改革促稳定，在稳定中求发展。20世纪80年代他在着力研究中国价格改革的规律性的同时，对经济结构调整的研究也十分引人注目。当时他提出，社会经济的发展一般总是先发展农业，在农业发展的基础上，以农产品为原料和农业为主要市场的轻工业得到发展，然后在农业和轻工业发展的基础上，重工业才大规模发展起来，这是生产力发展的一条客观规律；我国经济结构调整也是遵循这一规律。后来他主编了《论经济结构对策》一书，全面系统地论述了这一观点。该书后来获得孙冶方经济科学奖励基金1984年度著作奖。

    张卓元有关经济结构调整的思路，得到了中央领导人的肯定。因此中央后来制定“八五”“九五”计划时，都主动听取张卓元的建议。而张卓元在很多文章中都对中国国民经济的发展规则进行了战略性的分析，为中央决策层提供参考。

    熟悉张卓元的人都把他比成中国经济界的一棵“长青树”，从邓小平时代开始，他就备受中央高层的关注和信任，几代领导人在宏观经济问题上几乎没有不把他的观点作为决策参考的。

    1999年，中央决定制定国民经济和社会发展第十个五年计划，张卓元成了计划起草人之一。

    “十五”计划是中国进入21世纪后第一个中长期规划，它不仅是中国实施第三步战略部署（争取到建国100年时，基本实现现代化）的第一个中长期规划，也是中国初步建立社会主义市场经济体制后的第一个中长期规划。根据党的十五大提出的远景目标，“十五”计划期间经济和社会发展的主要目标是：国民经济保持较快发展速度，经济结构战略性调整取得明显成效，经济增长质量和效益显著提高，为2010年国内生产总值比2000年翻一番奠定坚实基础；国有企业建立现代企业制度取得重大进展，社会保障制度比较健全，完善社会主义市场经济体制迈出实质性步伐，在更大范围内和更深程度上参与国际经济合作与竞争；就业渠道拓宽，城乡居民收入持续增加，物质文化生活有较大改善，生态建设和环境保护得到加强；科技教育加快发展，国民素质进一步提高，精神文明建设和民主法制建设取得明显进展。

    “十五”计划从总体规划纲要、重点专项规划以及各行业规划、各地区规划三个层次展开。其中，针对关系全局的重大问题和关键领域制定的重点专项规划是“十五”计划的一大特点，备受关注的西部开发规划就属于重点专项规划。

    “十五”的目标是宏伟的，但据透露，“十五”计划的起草过程并不轻松。

    1999年12月，“十五”计划起草小组在北京成立，这个小组既包含了一批政府官员，又吸收了一批像张卓元这样的专家学者。而在此前国家计委做了大量准备，仅文字材料就有十几本。

    张卓元进入起草组后发现，无论是政府官员，还是专家学者，在对中国面临的国内国际形势的判断上、在制定“十五”计划的大思路上，大家的认识是一致的，都认为：在社会主义市场经济体制初步建立的今天，市场应当在资源配置中发挥基础作用；中国经济增长方式要从以往注重数量和速度转变到注重质量和效益。因而结构调整和体制改革在“十五”计划建议中，被提到前所未有的高度。但是，在具体表述方式上，起草小组成员却有不同意见，起草组成员有时为了一