十届人大一次会议通过的政府机构改革方案，决定设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，设立中国银行业监督管理委员会，组建商务部，组建国家食品药品监督管理局等等。分析家认为，本次机构改革方案最大的亮点是，加强了政府在市场经济制度中应有角色的建设，即加强了对市场的监督和监管力度，目的性十分明确。

    张卓元认为，成立国资委这样一个“特设机构”，其主要原因是为了终结原来的国有资产管理“五龙治水”的局面。

    所谓“五龙治水”，就是好几个部门对国有大型企业分割行使职能。中央企业工委负责这些企业负责人的任免，而财政部、国家经贸委等部门则掌控着“资产”和其他权力。如果按照出资人的三大权能——资产收益、重大决策、选择管理者来细分，则有多达9个部门在负责。

    张卓元在参与起草政府机构改革方案时，与起草小组的专家一起建议成立一个专门的机构——国资委来解决这个问题。

    1993年12月张卓元调到中国社会科学院工业经济研究所任所长时，就开始重点研究国有企业改革。他认为社会主义市场经济体制的建立和完善，关键在于重塑市场主体，特别是其中起主导作用的国有企业，使之真正成为市场主体。他当时提出，为加快国有企业改革步伐，需要对大中型企业进行公司制改组。主张国有经济主要掌握关系国民经济命脉的重要行业和关键领域，逐步从一般竞争性行业退出，对小型企业则采取多种形式的放开放活。他主张发展多元化投资主体，建立多元、竞争的国有资本运营结构。同时他还认为地方封锁、部门垄断和过度竞争，是中国发展市场体系的重大障碍。这种呼吁在当时对经济界形成很大的冲击波。

    1998年5月张卓元去辽宁考察了一个行将破产的企业，令他十分痛心的是国家资产的损失。这个只有两千人的企业破产后一下子吃掉了坏账准备金1.8亿元。当时他差点流出泪来，他发问道：用1.8亿元救活一个两千人的企业，每个职工合6万元，国家的代价是不是太大了？

    从那以后，他一直在探索国有企业的改革方案，特别是企业产权制度的创新。在张卓元看来，设立国资委的理由有三点：分割行使出资人的权力，使得国有资产运营效率非常低下；加入世贸组织与建立完善的社会主义市场经济体制，要求政府的社会管理职能和出资人的职能分开，要求企业产权主体明确；原来有些职能分工不太合理，如进出口贸易、农产品由国家计委管，工业品和原材料是国家经贸委管，其他技术等由外经贸部管，显然不适应。

    国资委的主要职能包括：依照《公司法》等法律和行政法规履行出资人职责，指导推进国有企业改革和重组；代表国家向部分大型企业派出监事会；通过法定程序对企业负责人进行任免、考核并根据其经营业绩进行奖惩；通过统计、稽核对所管国有资产的保值增值情况进行监管……用张卓元的话来说，国资委主要归并了原来三个部委的职能：一是中央企业工委的全部职能；二是国家经贸委指导国有企业改革、重组等几个职能；三是财政部的一部分职能。张卓元还建议将劳动部负责的工资总额的管理并入国资委。

    对此，中央企业工委的一位官员称：“国资体制改革的历程中，从来没有这样一个强势机构，把管资产和管人、管事全部结合起来。”它既不是行政部门，也不是事业单位，而是首次出现的所谓“国务院直属正部级特设机构”。它将依法对企业的国有资产进行监管，依法履行出资人职责，但不得直接干预企业的生产经营活动，这将使国家对这些国有资产的管理更加顺畅。

    但是有人提出，把五个部门管理国有资产的人员和工作合到一起