解体，大局摇动，非臣书生所支持。”文宗接奏震怒，亲笔批示：“平时侈谈彼短，一旦决裂，不知认罪，犹以书生自居，可叹可恨，殊有愧书生二字。”

    所谓“侈谈彼短”者，指他在江苏学政任内，一再上书论兵，对他的同年江苏巡抚许乃钊，多所指责而言。许乃钊虽不知兵，但先练“抚勇”攻小刀会刘丽川，次则在和春大营，身临前线，进退与共，而何桂清拥兵自卫，置精锐于无用之地，以致江南大营因势孤而陷，已不可恕，及至太平军自东而至，丹阳未失，镇江屹然，常州则兵粮俱足，民气可用，居然望影先逃，并且在老绅跪香攀辕时，命亲兵以洋枪轰击，杀无辜１９人之多，真所谓丧心病狂，衡诸国法、天理、人情，都非杀不可。

    然而京内消息隔膜，江南人“都曰可杀”，京朝大老，却颇有人为何桂清缓颊。先是当江南大营一破，文宗忧虑苏常不保，大学士军机大臣彭蕴章还说：“何桂清驻常州，筹划精详，又有张国梁、张玉良一批骁将，文武协力，战守有余，苏常必保无虞。”不数日败讯到京，文宗痛责彭蕴章无知人之明，因而解除军机大臣的职务。同时，何桂清被革职查办，以曾国藩为两江总督兼钦差大臣，督办江南军务。

    当时湘军还未入江苏地界，江苏的最高地方长官是薛焕，他是何桂清所提拔的人，自然向着何桂清，其次是浙江巡抚王有龄，也要救何桂清，所以多方庇护，一再联衔上奏，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”，文宗不许。于是又说他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京伏罪，文宗又不许。以后英法联军内犯，文宗出奔，接着发生辛酉政变，肃顺被诛，恭亲王掌国，两宫太后垂帘听政，由于这一连串的大事，拿问何桂清一案，便拖了下来，容他在上海苟且偷生了两年。

    同治元年四月，朝中大局已定，于是何桂清不能不就逮，解到京城下刑部大狱，主审的秋审处四总办中，有一个是直隶司的郎中，名叫余倬光，正好是常州人，冤家遇着对头，何桂清就没有活路了。依照大清律，“封疆大吏失守城池”应得的罪是“斩监候”，但秋后处斩，须先经御笔“勾决”，这就有了一丝生机，到时候可以设法为他乞恩缓决。所以余光倬加上一条罪名，说他“击杀执香跪留父老１９人，忍心害理，罪当加重”。因而拟了“斩立决”，余光倬必杀何桂清，虽有私憾，但论法则亦实无活理。当时的刑部尚书是云南昆明人赵光，他是嘉庆二十五年的进士，这一榜是名榜，出了个连中三元的广西人陈继昌，榜眼叫许乃普，就是许乃钊的胞兄，以此渊源，赵光对何桂清如何制和春、张国梁的肘，如何失陷苏常、如何纵兵殃民，十分清楚，所以传说在何案定谳覆奏的折子中，赵光有这样的警句：“不杀何桂清，何以谢江南百万生灵？”赵光为人庸愚，但这句话却是义正辞严的公论。

    慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于刑部定拟的罪名，不肯轻作裁决，降旨命大学士六部九卿科詹科道会议，这就是明朝的“廷议”，是件很郑重的事。会议结果，如刑部所议，而慈禧太后还不忍轻杀大臣，另有一道懿旨。

    懿旨上这样说：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。”这意味着，“上头”预备网开一线，所以跟何桂清有交情的、受了运动的，或者间接有关系可能受株连的，本以为何桂清罪无可逭，救亦无用，而在廷议中默无一言者，此时纷纷上疏论救，总计有１７人之多。