日，起义军经一路苦战，取道福建到达广东的大埔县。南下广东，是早已确定的进军目标，到了广东，起义军上下都认为是到了家。然而，起义军到广东后所面对的并非事先想像中的那么美好，等待起义军的却是一场空前残酷的鏖战。曾经被起义军打败的钱大钧部、黄绍竑部均得到喘息、补充，广东军阀李济深已从容地在东江地区集结重点。当起义军刚进入福建长汀时，李济深即判断起义军将经过长汀、上杭进入广东，便调整其第八路军的作战部署，由赣南及粤赣边界转兵东江地区。这样，李济深集结在东江一带的兵力计7个师，共2万人以上。

    面对如此严峻的形势，9月19日，起义军抢占了地处梅江、汀江、韩江的汇合点、东江地区的交通枢纽——三河坝。这时，起义军第二十五师的2500人还在上杭开往广东的途中，进入广东的有8000余人，其中作战部队只有6000余人。为此，前委在三河坝决定分兵：由朱德率领第九军和第十一军的二十五师2500余人留守三河坝，叶、贺主力8000余人直趋潮、汕。

    9月28日，起义军第十一军第二十四师和第二十军的第一、二师约6000人，在汤坑与敌15000余人激战三昼夜，歼敌3000，起义军亦伤亡2000多人，弹药告绝，第二十四师下级干部伤亡殆尽。9月30日，起义军向揭阳退却。驻守潮、汕的第二十军第三师，在强敌进攻下，亦于当日失守潮、汕，10月1日晚退守海陆丰。10月2日至3日，留守三河坝的第九军和第十一军第二十五师，在朱德、周士第率领下，与敌钱大钧三个师激战两昼夜，因粮尽弹绝，于10月4日撤出三河坝地区。

    在形势急趋险恶的情况下，中央代表张太雷于9月30日到达汕头。他向前委传达了党的“八七”会议精神和中央关于抛弃国民党旗帜、建立苏维埃政权的决定，提出起义部队应撤出潮、汕，转移海陆丰。10月3日，起义部队主力从汤坑撤退到普宁的流沙镇。前委在流沙召开了有前委、革命委员会成员和其他军政负责干部会议。会议决定武装人员突围去海陆丰，非武装人员由当地农会护送，分批从海上撤退。当部队行进到乌石地区时，遭到敌人伏击，大部分被打散，一部分（1200余人）突围转移到海陆丰。起义军主力失散后，周恩来、叶挺、聂荣臻等领导人在汕头地下党的护送下，转赴香港。贺龙、李立三、周逸群、郭沫若等领导人也转移到香港、上海，踏上新的征途。

    在此危难关头，朱德在饶平的茂芝全德学校召集周士第、李硕勋、陈毅、王尔琢、周邦采等各路负责人开会，紧急商议对策。朱德指出：反动派在东江地区陈兵数万，随时都有向我扑来的可能。现在前方主力已完全失利，原来的希望成了泡影。在这群龙无首的局面中，起义军只有迅速脱离险境，保存有生力量，另寻出路，才能图谋新的发展。朱德毅然向大家表示说：我是共产党员，有责任把南昌起义的种子保留下来，把这支队伍带出去，和大家团结奋斗，将革命进行到底。会后，朱德率部向闽、赣边境转移。

    南昌起义军余部进入赣南山区后，孤立无援，情况越来越严重。部队虽然摆脱了大股敌人的追踪，但仍不时遭到地主武装、反动民团的袭扰。此外，天气逐渐寒冷，官兵们却还是穿着起义时发的单衣，经常性的森林露宿，疾病陡发，又没有医药治疗，伤、病人员日益增多。寒冷、饥饿、疾病，严重地威胁着每一个人。人们思虑的是，在革命处于低潮之际，革命还有没有前途？部队一无供给，二无援兵，出路在哪里？一些经不起考验的人，有的不辞而别，有的叛变投敌，还有整班、整排、整连自行离队，自寻出路去了。部队进入安远天心圩时，竟从2000余人锐减至1000余人。部队到了非整顿不可的时候了，于是有了“赣南三整”的发生。