三门峡水利工程已经无可避免，黄万里在反对的同时也提出了补救之策，即三门峡大坝一定要能刷沙出库，为日后泥沙大量淤积预作准备。

    接下来，在1957年6月10日至24日的三门峡水利枢纽讨论会上，黄万里再次舌战群儒。讨论会上分了三派，拦洪蓄沙的高坝派、拦洪排沙的低坝派和只有黄万里一人的反上派（反对上三门峡工程）。

    高坝派主张立即建三门峡大坝，拦洪蓄沙，清水出库，并反对减少库容，主张建360米大坝。

    低坝派也是少数派，以温善章为代表，主张拦洪排沙。他们希望保护耕地，减少库容，降低蓄水线（335米或330米、320米）。

    黄万里则属于孤立派，他后来回忆说，当时出席会议者“大多同意苏联专家的设计，只有笔者一人根本反对修此坝，并指出此坝修后将淤没田地，造成城市惨状。争辩七天无效后笔者退而提出：若一定要修此坝，则建议勿堵塞六个排水洞，以便将来可以设闸排沙。此点全体同意通过。但施工时，苏联专家坚持按原设计把六个底孔都堵死了。”结果是1970年代，这些底孔又以每个1000万元的代价打开。

    黄万里所说的一切问题后来都变成了现实。

    三门峡水库建成不到两年，水库淤积严重，渭河河口淤积4米多高，渭河成为地上悬河，水灾威胁西安。1968年渭河在陕西华县一带决口，造成大面积水灾。而三门峡蓄水水位也因为顾虑泥沙淤积而不敢抬高，水库装机容量只有原设计的四分之一。同时，出库清水对下游河形成侵蚀，对河岸冲刷严重。而此时黄万里已经因为他的反对言论被打成右派，劳教去也。在他的右派生涯中，黄万里也没有停止对三门峡水利工程发表意见，他仍希望扭转事态，通过父亲的好友、国家副主席董必武上书中央。

    2003年渭河特大水灾，更是让人们把矛头对准三门峡水利工程。媒体甚至直指三门峡水库为渭河水灾的“罪魁祸首”。一时之间，三门峡水库存费的争论开始出现。渭河的受害者陕西省认为，“潼关高程升高，渭河排水不畅，小流量酿成大灾害，责任全在三门峡，三门峡水库该废。”——所谓潼关高程，指黄河流量为每秒1000立方米时，相对应的水位高度，不少专家认为三门峡水库是造成潼关高程抬高的原因。著名水利专家张光斗也在接受中央电视台采访时说，三门峡水电站应该废弃。赞成这一观点的专家不在少数。

    另一方面，也有人认为“上世纪90年代后，潼关高程的抬升属自然抬升，非渭河独有，也非潼关高程独有。气候变暖，北方来水少，而来水少、河床淤积是自然现象，整条黄河及北方的全部河道河床均在抬升之中”。因而，“废弃三门峡水库是个错误主张”。三门峡市更是向水利部直呼：“三门峡市离不开三门峡水库！三门峡人民离不开三门峡水库！”

    这场争论一直延续至今。相形之下，朱幼棣站在文化立场上对三门峡工程的责问则无人能反驳。“三门峡水库的正常高水位被定于360米，按照这个水位，附近的陕州古城、潼关老城、蒲州以及方圆百里的村庄均要沉没水库。数十万百姓被迫迁出世代居住的家园。可后来，实际蓄水还未达到原来规划的水位，就威胁到关中平原的安全，被迫降低，大量良田并未被淹没，上述古城也没有沉到水库。但居民已迁，弃城荒凉，竟造成了无水的淹没和毁灭。”这是可以列入世界自然遗产的风景区，也也拥有丰富的人文景观，还有无数本可避免迁移的人民和避免荒废的城市，可惜都被想象中的水给淹没。究其原因，只能重新回到黄万里孤独的反抗之上。人类并非败于自然，而是被自身所愚弄。