自读。由此，递进讲章倒成了讲官的正务，皇帝出御经筵就此声息俱无了。言官论事的奏疏一向便使万历最为头疼，后来发生了立储（即立太子）问题，奏疏更是有如雪片一样，不断飞来，更使万历大为冒火。在这一点上申时行也使万历轻松了不少。巧妙的是，申时行是从侧面着手，他请万历敕谕御史、给事中等言官，要他们各理本职，不得越科言事，以期各本所职。这从表面看来倒像是在改进工作，骨子里却是取消了言官们可以放言内外诸事的权力。譬如十三道监察御史，职分所在虽仅止于一道，其实道外诸事以前他都可以论奏，如今可只限于一道了。又如给事中们一向虽分为吏、礼、户、兵、刑、工六科，但从无只论本科之事的，也是举国上下，宫廷内外，所有各事都得论列。有了这个敕旨，他们便得各守本职，吏科的不能言礼、言财，兵科的不能言工、言刑，除了本职以外，什么都不能顾了。当然敕谕初下不免引起不少抗争，有些骨鲠之士还是一直不肯遵从，但毕竟敢于抗旨不遵的只有很少数，大多数人都给限制住了，每日的奏疏数量明显地减少了很多。凡此种种，都使万历格外高兴，十分倚信申时行，但外间对他的评价却反越来越低，甚至有人说他是以“媚行取悦”，或者说他惯于“逢君之恶”。但是申时行以其聪明巧辩也还很有些事竟能救祸于未发，深为人所赞许。万历十七年（1589），申时行巧妙地使大理寺评事雒于仁得免杀身之祸，最为受人称赏。这个雒于仁，颇为尚气敢为，他虽非言官，但因见万历好酒贪杯，贪财好色，颇以为忧，便曾上疏亟谏，还在疏后附有酒、色、财、气四箴，用词极为尖刻，颇具讽刺意味。万历是好气的，看了很是愤怒，但以时值岁暮，一时忙于别的事情，只好暂把此事丢开。待到元旦召见阁臣，万历便将雒于仁的疏本取出，交给申时行看，一面极力为自己申辩，一面表示必须把雒于仁置于重典方能消恨。申时行觉得如果因此便把雒于仁判为死罪，必会大招物议，他又已看出万历此时确是色厉内荏，既想重办，又怕张扬，于是便说，“办虽该办，不过并不妥善。因为那样便要把疏本宣付外廷，议明处罪。雒于仁说的都是无稽之谈，万岁实在并不如此。但宫禁深密，外间岂能尽知。此疏传出，如或引起外间猜疑，反而不好。不如暂行搁下，容臣在私下里予以斥责，命其辞官回家，一尘不惊，岂不更好？”这番话很对习于因循苟安的万历的胃口，果然一拍即合，雒于仁不仅逃脱了性命，而且还能太太平平地辞去官职，回乡家居。还有巧为张居正解脱了剖棺戮尸之祸，也是申时行极其为人称道的事情之一。张居正把申时行引入阁中，原本是想申时行如为首辅，对于他家应该多予维护。这一点，他是把算盘打错了，申时行这个机灵人，白费力的事他是不干的。张居正的家被抄后，万历的余怒仍在日甚一日，凡有略似为张居正说话的人，无不立即获罪；反之，毁谤他的，追论其罪的人，无不受到褒奖。行之日久，用尽心机以攻击张居正作为自己的进身之阶的人，真如风起云涌一样，越来越多，用心也更险毒。后来御史丁此吕竟至疏劾侍郎高启愚，说高在会试时竟以“舜亦以命禹”为题，暗以大禹影射张居正，含有“劝进”（即是劝张居正自立为帝）之意。此论一出，风波更险，攻讦张居正的人更多，竟有人疏请应将张居正以大逆论处，虽已死了，也应剖棺戮尸。万历对此是满意的，但还是把那些疏文拿给申时行看，想听听他的意见。申时行很不赞成这种一朝势去纷纷“下井投石”的做法，但他知道，如果为张居正辩解，结果反会适得其反，于是便单就丁此吕一疏着手，说：“此吕以暧昧陷人大辟，恐谗言接踵至，非清明之朝所宜有。”他的话不多，却以“暧昧”二字推开了疏中的要点，下面著一“陷”字，微示其意，却也是定下了格调。万历是够昏庸的，却又极怕世人以此目之，申时行以清明之世为称，